Na de Reformatie mochten katholieken niet meer in het openbaar hun geloof belijden. De Staten van Overijssel hielpen vanaf 1593 "de gereformeerde christelijke religie" te bevorderen. De gereformeerde Kerk kreeg hierdoor een dominante, bevoorrechte positie. Niet gereformeerden konden alleen in beslotenheid hun godsdienst uitoefenen; meestal deden zij dat bij particulieren thuis. De katholieken waren gedwongen ondergrondse bijeenkomsten te organiseren. Priesters gingen vermomd als marskramer met eieren op de rug of als voerman met een kar turf langs schuur- of schuilkerken, waar ze missen opdroegen, kinderen doopten, huwelijken inzegenden en de katholieken bijstonden in hun noden. In Hertme was een schuilkerk in het Groothuijs aan de Lodieklanden. Dit huis wordt tot de dag van vandaag het Spookhuis genoemd, omdat katholieken of protestanten in lakens zouden hebben rondgelopen om elkaar angst aan te jagen. In Zenderen werd gekerkt in huize Het Hulscher en in Bornerbroek op de boerderijen Groot Wiercke en Bolscher. De diensten waren niet zonder gevaar. Een omstreeks 1630 gehouden katholieke kerkdienst werd door de drost ontdekt, waarna strenge boetes volgden.
Kerkenbouw
Na de vrede van Munster in 1648 nam de tolerantie tegenover de katholieken en andere religieuze groeperingen toe. Rond het jaar 1715 kreeg pastoor De Meijer uit Emmerich toestemming om op "den Kolk" in Hertme een woonhuis met kapel te bouwen. Dit kerkje trok katholieke gelovigen vanuit de wijde omtrek. In de Bataafs-Franse tijd kwam er vrijheid van godsdienst in Nederland. Vanaf die tijd schoten nieuwe gebedshuizen als paddenstoelen uit de grond. Zo kwam onder het voortvarend bestuur van pastoor Johannes Mulder in 1798 een kerk in Zenderen tot stand, die uiteindelijk in 1948 weer is afgebroken. In 1800 verrees een katholieke kerk in Bornerbroek, die in 1839 met hulp van de overheid verbouwd werd naar een ontwerp van het Ministerie van Waterstaat. Ook aan de Koppelsbrink werd in 1839 een katholieke schuurkerk uit 1785 verbouwd tot waterstaatskerk, met een typische kleine toren op de voorpui.
St. Stephanus kerk
In Hertme vond in 1801 onder leiding van "bouwpastoor" Mulder
ook nieuwbouw plaats. Deze kerk op de Kolk kwam in plaats van het
kapelletje uit 1715. Hertme vormde sinds 1598 samen met Zenderen en
Borne één statie of parochie. In 1813 wijdde pastoor
Wernerus Nieuwenhuis het kerkhof van Hertme in, dat nog steeds in
gebruik is. Parochianen plaatsten daar toen een kruisbeeld dat nu
in de kerk staat. In datzelfde jaar vond ook de bouw van een houten
torentje met een bescheiden luidklok plaats. In 1875 trad pastoor
Theodorus Hofman aan in de parochie Hertme/Zenderen. De treurige
staat waarin het godshuis op de Kolk verkeerde, was hem een doorn
in het oog. Hij stichtte een fonds dat het fundament moest worden
voor een nieuwe kerk in Hertme. De pastoor van Saasveld, G.
Wiegink, schonk het fonds de eerste f 1.000,‒. Ook was pastoor
Hofman bevriend met de niet onbemiddelde juffrouw Theodora Heerkens
uit zijn vroegere standplaats Zwolle, die hij vergezelde bij een
bedevaart naar Kevelaar. Uiteraard werd daar gesproken over het
verlangen van pastoor Hofman om een nieuwe kerk in Hertme te
bouwen. De Hertmer pastoor moest aangenaam verrast zijn toen
Theodora hem toezegde een bedrag van f 10.000,‒ bij testament te
vermaken voor de nieuwe kerk. Bij het zilveren priesterjubileum van
pastoor Hofman in 1892 bleek er "een kleine
f 2000,‒" in kas. In 1898 ontving het kerkbestuur de toegezegde f
10.000,‒ uit de nalatenschap van Theodora Heerkens. Op 16 juli
1903 vond de plechtige inwijdingsconsecratie van de huidige St.
Stephanus plaats.
