Vele kerkschatten en religieuze gebouwen, zoals het klooster in Oostbroek, zijn in de zestiende eeuw ten prooi gevallen aan vernielingen. Dat had alles te maken met een nieuwe zuiveringsbeweging in de kerk. Aan het begin van die eeuw ontstond er behoefte tot verandering binnen de katholieke kerk. Vele gelovigen vonden dat de kerk te veel om aardse zaken gaf en was afgedwaald van de Bijbel. De Bijbel werd in die tijd vertaald uit het Latijn in de volkstaal, zodat de mensen hem zelf konden lezen. Dit is de zogenaamde Statenbijbel. Zo namen ze kennis van het gebod, geen afbeeldingen van God te maken. Ook tegen aflaten, de heiligenverering en andere religieuze praktijken werd geprotesteerd. Deze 'protestanten' leidden de Reformatie in, een beweging om de kerk te hervormen. Vanaf 1566 vond in veel plaatsen een beeldenstorm plaats, waarbij beelden uit katholieke kerken werden gehaald en vernield. Dit was niet alleen een uitlaatklep voor godsdienstig ongenoegen, maar ook voor maatschappelijke spanningen die waren ontstaan door armoede en inflatie. Ook kloosters moesten het ontgelden. Zo werden het klooster Oostbroek en het Vrouwenklooster (dat lag waar nu het KNMI is) te De Bilt verwoest.
De Spaanse koning Filips II, die de baas was in de Nederlanden, wilde koste wat het kost het katholieke geloof verdedigen. Zijn optreden leidde tot een opstand in de Nederlanden onder leiding van Willem van Oranje. De opstandige provincies sloten zich in 1579 aan bij de Unie van Utrecht, een bondgenootschap tegen Spanje. Hierdoor ontstonden "Noordelijke Nederlanden", want het zuiden bleef onder het gezag van Filips II. De Statenvergaderingen van de afgescheiden provincies riepen hun autonomie uit. Ze werkten samen in de Staten-Generaal, die bijeenkwamen in Den Haag. De weigering om de religieuze praktijk binnen de katholieke kerk te veranderen, leidde tot afsplitsing en het ontstaan van nieuwe christelijke stromingen, genoemd naar hun voorlieden: lutheranen, calvinisten etc.
In 1580 riepen de Staten van Utrecht de nieuwe gereformeerde religie tot bevoorrechte religie uit. De katholieke kerkgebouwen kwamen in handen van de protestanten. Er mochten geen processies meer plaatsvinden. In Zeist is de overgang naar het protestantisme - net als in Driebergen - geruisloos gegaan. De eerste predikant was Cornelis Anthonisz. (ca. 1541-1600/01), monnik, predikant en landmeter, stamvader van het geslacht Hornhovius. Hij was ook predikant te Driebergen. Op verschillende plaatsen ging de oude pastoor over naar het nieuwe geloof. Sommige streken bleven echter grotendeels katholiek, zoals Cothen, Wijk bij Duurstede en Werkhoven.
