Voordat de Sint-Nicolaaskerk in 1875 in gebruik werd genomen, werd al vanaf 1688 gekerkt in de schuurkerk aan het Overeind (nu: de Malapertweg). Deze schuurkerk stond ongeveer daar waar nu de Structuurbaan en de Malapertweg elkaar kruisen. Dit kerkje was inmiddels te klein geworden. Daarom werd in 1870 een stuk bouwgrond aangekocht, gelegen op de plaats waar nu de Schoolstraat loopt, met de bedoeling om daar een nieuwe kerk te bouwen. In verband met problemen met zijn gezondheid vertrok de zittende pastoor C.H. van der Grindt begin maart 1873 naar een kleinere parochie (Benschop).
Bouwpastoor
Op 16 maart 1873 werd Gerardus Wilhelmus van Heukelum (1934-1910)
benoemd als (bouw)pastoor van Jutphaas. Hij is vernoemd in de Van
Heukelumstraat. Van Heukelum liet het oude kerkje weer wat
opknappen, maar bracht ook de bouw van de nieuwe kerk ter sprake:
de grond was er immers al. Door een speling van het lot kon een
gunstiger gelegen stuk grond worden verkregen, namelijk dat waarop
de huidige kerk nu staat: Utrechtsestraatweg 8.
Architect Wilhelm Viktor Alfred Tepe (1840-1920), die als een van
de belangrijkse Nederlandse grondleggers van de neo-gotische
architectuur van de wordt beschouwd, maakte een nieuw plan.
Reeds op 2 maart 1874 vond de aanbesteding plaats. Aannemer N.H.
Peters uit Hilversum kreeg de opdracht. De bouwkosten bedroegen fl.
61.500,- (nu ongeveer € 28.000,-). Op 11 mei 1874 werd de eerste
steen gelegd door mgr. A.I. Schaepman (1805-1882), aartsbisschop
van Utrecht. Precies één jaar later, op 11 mei 1875, werd de kerk
door hem ingewijd. De kerk is een zuiver voorbeeld van neo-gotiek.
Ze werd ontworpen naar de inzichten van het Sint-Bernulphusgilde;
daarvan maakten onder meer de Duits-Nederlandse beeldhouwer F.W.
Mengelberg (1837-1919), de utrechtse firmant, glasschilder H.
Geuer, siersmid A. Kniep en edelsmid Gerard Bartel Brom (1831-1882)
deel uit. Bij de oplevering was het interieur nog kaal en wit. Er
is nog dertig jaar gewerkt aan de verdere inrichting en
schilderingen o.a. door eerdergenoemde kunstenaars. Er zijn diverse
kunstwerken aanwezig, zelfs uit de Middeleeuwen.
Restauratie
Begin jaren negentig van de afgelopen eeuw was de kerk aan
restauratie toe. In 1992 is daarmee begonnen. De toren (50 meter
hoog) was als eerste aan de beurt, daarna volgde de rest van de
kerk. De kosten bedroegen 5 miljoen gulden: dit bedrag werd
bijeengebracht door middel van subsidies en de inzet van
vrijwilligers van de Stichting Restauratiefonds
Nicolaaskerk.
Kardinaal A. Simonis verrichtte op 22 november 1998 de plechtige
heropening.