Het duurt een aantal decennia voordat de in 1517 door Luther in Wittenberg (Duitsland) op gang gebrachte kerkelijke reformatie vaste voet zou krijgen in IJsselstein. In 1577 (uitgerekend op 6 december, de feestdag van patroonheilige St. Nicolaas) wordt hier de de Sint-Nicolaaskerk ontluisterd en overgenomen door de hervormden. De IJsselsteinse katholieke parochie wordt omgezet in een hervormde gemeente van calvinistische signatuur. Een en ander gebeurt in IJsselstein iets later dan in de naaste Hollandse omgeving, en iets eerder dan in Utrecht.
Nadat enkele jaren later de hervormde religie bij uitsluiting tot de officiële religie was verklaard en het openlijk aanhangen van de roomse religie was verboden (1581), waren de aanhangers van de 'oude' religie aangewezen op priesters van elders, totdat er vanaf 1634 in IJsselstein zelf weer geregelde zielzorg was. De eredienst vindt tussen 1577 en 1634 plaats bij particulieren thuis of in schuilkerken elders; in 1634 hadden de katholieken een eigen schuilkerk in de Havenstraat. Het pastorale werk wordt ondersteund door zogeheten 'klopjes'.
De activiteiten van de katholieken, als die tenminste niet het karakter dragen van publieke religieuze manifestaties, worden door het stadsbestuur oogluikend of tegen betaling van een overzienbare boete toegestaan, overigens tegen de zin van de protestantse kerkelijke gezagsdragers. Zo kunnen de bedevaarten naar Onze Lieve Vrouwe van Eiteren doorgang blijven vinden, terwijl de plechtige processies worden afgeschaft. Het is niet gemakkelijk te ontwarren in hoeverre politieke dan wel religieuze motieven doorslaggevend zijn geweest bij de hervormingsacties in het derde kwart van de zestiende eeuw in IJsselstein en omgeving.
Deze acties vallen samen met de opstand tegen de Spanjaarden (Tachtigjarige Oorlog, 1568-1648), die een reactie is op de onderdrukking van de hervormingsbeweging, maar ook de politieke bevrijding van de Noordelijke Nederlanden van het Spaanse regime als doel heeft. Nadat Willem van Oranje in 1551 door zijn huwelijk met Anna van Egmond heer van IJsselstein is geworden (een titel die de Oranjes tot op heden nog steeds dragen), dringt hij in 1566 nog bij het stadsbestuur aan op handhaving van verordeningen tegen de Hervorming. In de jaren '70 steunt hij echter de aanhangers van de Hervorming in hun strijd tegen degenen die trouw zijn gebleven aan de Spaanse koning.
