Na de Reformatie had het protestantisme niet overal vaste voet aan de grond gekregen. In Eemnes bleef een flink deel van de bevolking katholiek. In de zeventiende en achttiende eeuw kwam men bijeen in schuurkerken. De Franse tijd bracht emancipatie van de katholieken, die ruim driekwart van de inwoners van Eemnes uitmaakten. Ze poogden een van de twee kerkgebouwen in bezit te krijgen, maar net zoals op vele andere plaatsen, werd hun streven door de gereformeerden tegengewerkt.
In 1842 werden er plannen gelanceerd om tot een nieuw kerkgebouw te komen, omdat de ruim een eeuw oude schuilkerk niet meer voldeed. Het duurde enkele jaren voordat er voldoende geld bijeen was gebracht, maar toen kon de nieuwe katholieke kerk in gebruik worden genomen. Later volgden ook eigen scholen, verenigingsgebouwen en een ouden-van-dagenhuis. Het was het begin van de zogenaamde verzuiling, waarin elke religieuze bevolkingsgroep haar eigen maatschappelijke organisaties opzette. In Eemnes, net als op vele andere plaatsen, kwamen er katholieke boeren- en middenstandersverenigingen, zangkoren, sportverenigingen en andere gezelschappen. Deze verzuilde samenleving hield stand tot in de jaren '60 van de twintigste eeuw.