Op 27 juli 1572 koos het Delftse stadsbestuur de zijde van prins Willem van Oranje als leider van de opstand tegen Spanje en omarmde daarmee het hervormde geloof. Dit had dramatische gevolgen voor de katholieken. Alle kloosters werden opgeheven en hun bezittingen door de Staten van Holland in beslag genomen. Veel priesters en broeders probeerden de kerkgoederen veilig te stellen. Katholieke godsdienstoefeningen werden sterk aan banden gelegd. Op 3 augustus stond Willem van der Marck, graaf van Lumey, namens Oranje toe dat de Nieuwe Kerk door de calvinisten gebruikt kon worden. Vele katholieken ontvluchtten de stad, soms met rampzalige gevolgen, zoals in het geval van Cornelis Musius en Justus van Schoonhoven.
Het Sint-Agathaklooster was een nonnenklooster en ooit het grootste en rijkste van Delft. Al in de loop van 1571 was een aantal zusters overgeplaatst naar andere conventen in het land. Vanwege de toegenomen spanningen verborg Musius de kerkschatten. Hoewel de overgebleven zusters en Musius in het klooster mochten blijven wonen, kreeg het al snel een andere functie. Op 14 november 1572 nam Willem van Oranje met zijn hofhouding er zijn intrek. Vanaf die tijd heet het complex het Prinsenhof.
De onderlinge verstandhouding tussen de prins, die geloofsvrijheid nastreefde, en de priester en humanist Musius, was heel goed. Tot de vertrouwelingen van de prins behoorde ook Lumey, de wrede aanvoerder van de watergeuzen, die een enorme afkeer had van katholieken. Op 1 april 1572 had hij Brielle ingenomen en op 9 juli liet hij daar negentien priesters en lekenbroeders ophangen, van wie de meesten uit Gorkum kwamen. Het geuzenleger was het enige dat Oranje aan troepen had. Hun steun had hij hard nodig. Toen Lumey Delft dreigde aan te doen, verliet ook Justus van Schoonhoven de stad. De kerkgoederen van zijn klooster aan de Buitenwatersloot had hij verborgen toen dat ontruimd werd. Zelf had hij met zijn medebroeders onderdak gevonden binnen de muren van Delft. Ondanks zijn burgerkleren werd Van Schoonhoven al bij Overschie herkend. Zijn weigering te vertellen waar de kerkschatten zich bevonden, moest hij met de dood bekopen.
Enkele dagen na de komst van Willem van Oranje in het Prinsenhof werd Musius met enkele geuzen door Oranje uitgenodigd voor de maaltijd. Musius werd om zijn priesterkleding zodanig bespot dat hij de zaal verliet. Hij voelde zich niet veilig meer en ontvluchtte ook Delft. Vlak voor Den Haag werd hij echter herkend door ruiters van de prins. Zij lieten hem niet verder reizen en raadpleegden de prins. Musius zou de volgende dag worden teruggehaald, omdat hij in Delft veiliger zou zijn. Helaas kwam die avond het bericht dat de Spanjaarden optrokken tegen Haarlem. In opdracht van de prins ging Lumey met zijn troepen op weg om Haarlem te hulp te schieten, maar bij Den Haag liet hij ook Musius ophalen en naar Leiden brengen. Musius weigerde te vertellen waar de kerkschatten verborgen waren en werd opgehangen. Na zijn daad viel Lumey in ongenade bij de prins. Kort daarna was zijn rol uitgespeeld.
