Groot was de commanderij in Schelluinen niet. In goede jaren bestond deze uit een commandeur die het hoofd van de orde was, een ridderbroeder, een knaap, een priesterbroeder - de pastoor - en twee lekenbroeders, die als knecht op het land werkten. Voor de huishouding zorgde een moeder die werd bijgestaan door één of twee meiden. De orde bepaalde het kerkelijk leven in Schelluinen, waar de zestig kerkgangers waren aangewezen op de kapel, die naast het commandeurshuis in het centrum van het dorp lag. Het geloof bood houvast en zekerheid. Van ver zag men de kerktorens uitsteken boven de dorpjes en steden in de waard.
Bij de sloop van de oude kerk van Schelluinen in 1899 is een prachtig 15de-eeuws heiligenbeeldje van Sint Margaretha gevonden, de zogenaamde 'pijpaarden Margaretha van Schelluinen'. Niet alleen in kerken, kloosters en kapelletjes op de hoek van de straat vond men heiligenbeelden, maar ook bij de mensen thuis zag men vaak pijpaarden beeldjes. Het beeldje is in het Centraal Museum Utrecht terecht gekomen. Een rijke Gorcummer die woonde op de hoek van de Botersteeg en de Koekenbakkersteeg, had in zijn huis zelfs een gebrandschilderd glas laten aanbrengen waarop Christus te zien was die vlak voor zijn kruisiging wordt voorgeleid aan de Hogepriester.
De middeleeuwers kenden drie standen: de geestelijkheid, die zich bezighield met bidden, de adel, die bescherming moest bieden door te vechten, en de boeren - de werkers - en later ook de burgerij. Van de geestelijken was de paus de onbetwiste leider. Na hem kwam de bisschop, zoals die van Utrecht. Voor de Alblasserwaard en Vijfheerenlanden had de bisschop van Utrecht een deel van zijn taken gedelegeerd aan het aartsdiaconaat van Tiel en later Arnhem. Vanuit die plaatsen werden de priesters in de dorpen en steden aangestuurd. De priesters hadden veel voorrechten en één plicht: bidden voor het zielenheil van het volk, zodat men in de hemel terecht zou komen.
Kloosters
De monniken en nonnen woonden in kloosters, waar ze, zoals de nonnen in het Gorcumse Agnietenklooster (gesticht in 1401) in armoede leefden en God gehoorzaamheid en toewijding hadden beloofd. De nonnen, die de kloosterregels van Sint Franciscus volgden, lieten in 1449 voor 25 zusters in Arkel het klooster Mariënhage bouwen. Tegenover de Gorcumse Broerensteeg, aan de Arkelstraat, hadden de Minderbroeders vanaf 1454 hun klooster. Ook zij volgden de sobere leefregels van Franciscus van Assisi. Onder Brandwijk stond het vrouwenklooster Maria Ten Donk van de Cisterciënzerorde.
In de zomer van 1572 maakten de Geuzen die de streek van de katholieke Spanjaarden bevrijdden, een einde aan de macht van de katholieke geestelijken. Vaak werden kerken en kloosters geplunderd en vernield. In Schelluinen bijvoorbeeld werden de kerk en het commandeurshuis in de as gelegd. Toch zou het nog tot 1594 duren voordat de priesterbroeder de kansel overgaf aan een protestantse predikant. Daarmee was Schelluinen de laatste gemeente tussen de rivieren die overging tot het protestantisme.
