Doordat de loop van omringende rivieren veranderde, kwam de stad aanmerkelijk ongunstiger te liggen en kon het stapelrecht gemakkelijk omzeild worden. Er was na de vloed ook geen sprake meer van een efficiënte verbinding tussen Dordrecht en het rijke Brabant en Antwerpen. Bovendien stond het verdronken achterland elke stadsuitbreiding lange tijd in de weg en was de stad uitsluitend per schip bereikbaar. En zo zette een periode in van afkalving van de vooraanstaande positie van de stad.
De Grote Waard
Vanaf 1250 werden er dammen aangelegd. De Grote of Hollandsche Waard ontstond nadat rond 1282 de Maas bij Heusden en Maasdam was afgedamd en er een ringdijk was aangelegd. Het werd een belangrijk landbouwgebied met tientallen dorpjes. De dijken verzwakten door de hoge kosten van de Hoekse en Kabeljauwse twisten, maar ook door het afgraven van zouthoudend veen en putten ten behoeve van de zoutwinning.
In de nacht van 18 op 19 november 1421 woedde er een zware storm, gevolgd door een stormvloed, die naar de heilige Elisabeth van Thüringen werd vernoemd. Door zware regenval stond het water in de rivieren erg hoog. Deze combinatie was fataal voor de dijken, die op verschillende plaatsen doorbraken; aan de Dordtse zijde gebeurde dat bij Wieldrecht. Achtentwintig dorpen kwamen onder water te staan.
In de loop der eeuwen heeft de stormvloed Bijbelse proporties gekregen. Er zouden tienduizenden doden zijn geteld en talloze dorpen zouden in één klap van de kaart zijn geveegd. Dit is zwaar overdreven. Naar schatting heeft de vloed rond de tweeduizend slachtoffers gemaakt, wat niet wegneemt dat de ramp een enorme impact had.
Pogingen om de dijken te herstellen werden opgegeven, nadat er in 1424 wederom een overstroming plaatsvond. De dorpen werden verlaten en nog geschikte bouwmaterialen werden elders hergebruikt. De kerkklok van het verdronken dorp Weedenbrouck bevindt zich nu in de kerk van Cillaarshoek. Op de klok staan de opschriften Vocor Maria ('Mijn naam is Maria') en het jaartal 'MCCCLXXXVIII' (1388).
De legende van Beatrix
Onderdeel van de legendevorming is een baby met de naam Beatrix, die in een mandje bij Dordrecht kwam aandrijven. Ze was vergezeld van een kat, die ervoor zorgde dat het mandje niet in het woeste water ten onder ging. Beatrix werd als vondeling op kosten van de stad opgevoed en trouwde rond 1450 met de vooraanstaande Dordtenaar Jacob Roerom.
De Biesbosch
Na de overstromingen werd de voormalige Grote Waard een uitgestrekte, ondiepe binnenzee waar nog lang de restanten van de vroegere dijken en dorpen te zien waren. Onder invloed van het getij werd er een stelsel van platen en geulen gevormd. Men ging het gebied de Verdronken Waard noemen. Hoewel de naam Biesbosch al voor de Sint-Elisabethsvloed voor een klein, moerassig gebied bij Dordrecht werd gebruikt, kwam de naam pas laat in de negentiende eeuw voor het gehele gebied in zwang.
Aanvankelijk werden er biezen geëxploiteerd. Later werd er ook riet aangeplant, dat onder andere werd gebruikt voor rietmatten en dakbedekking. Wilgentenen en rijshout werden gebruikt voor de zinkstukken waarmee dijken werden aangelegd. Daarnaast waren er eeuwenlang vissers, kooikers en jagers actief.
In de twintigste eeuw werden delen van het land hoger bedijkt waardoor er zich akkerbouwers konden vestigen. Na de afsluiting van het Haringvliet in 1970 verdween het grote getijdenverschil vrijwel geheel, waardoor de Biesbosch zich nu steeds meer ontwikkelt tot een laguneachtig zoetwatermoeras.
