Onderin glas vijftien, het glas dat de doop van Jezus door Johannes verbeeldt, zie je een man knielen. Het is niet toevallig dat hij op het glas afgebeeld staat. Deze man, Joris van Egmond, de bisschop van Utrecht, is de schenker van het glas. Het is ontworpen door Dirck Crabeth, een beroemde glazenier die nog verschillende andere glazen in de Sint-Jan ontworpen heeft. Dit glas in het eerste glas dat na de grote brand in 1552 is geplaatst. Je kunt het als symbool zien voor de beglazingscampagne die georganiseerd is om de Sint-Jan te voorzien van nieuwe ramen.
Door de kerkbrand staan de bestuurders van de kerk voor een groot probleem: hoe kunnen ze ooit de kerk weer in zijn oorspronkelijke glorie herstellen? Ze organiseren een loterij om geld in te zamelen voor het herstel van de kerk, vragen aan het stadsbestuur om giften, collecteren in de buurt van de kerk en ze vragen aan belangrijke personen om een glas-in-loodraam te schenken. De schenkers staan daar zelf ook op afgebeeld. Eigenlijk zijn de glazen dus ook een manier om reclame te maken. Door een goed gekozen verhaal kun je laten zien wat je echt belangrijk vindt. De glazen in het koor zijn veelal geschonken door geestelijken. De kerkmeesters stappen echter niet zomaar op vooraanstaande geestelijken af. Ze worden daarbij geholpen door mensen met een band met de Sint-Jan en een vooraanstaande functie binnen de geestelijkheid. Lethmaet bijvoorbeeld brengt de kerkmeesters in contact met Joris van Egmond. Ook Lethmaet zelf heeft een glas aan de Sint-Jan geschonken
Het herstel van de glas-in-loodramen is niet de enige zorg van de kerkmeesters. Ook de kerk zelf en de toren zijn verwoest door de brand en moeten herbouwd worden. De kerkmeesters geven de bouwmeesters de opdracht om het ontwerp van de kerk te perfectioneren. Van der Goude doet dat bijvoorbeeld door om de andere zuil een zuil weg te halen. Door deze zogenaamde ‘brede traveemaat’ door te voeren kan er veel meer licht de kerk in vallen. In combinatie met de grote glas-in-loodramen geeft dat de kerk een heel ander aanzicht. Het moet voor de kerkbezoekers een aparte gewaarwording zijn dat hun kerk opeens veel ruimer en lichter is.
Nadat het koor herbouwd is, gaan de bouwlieden verder met het herstel van de dwarsbeuk, het transept, van de kerk en met het middenschip. Uit allerlei rekeningen blijkt dat het herstel van dat deel van de kerk voorspoedig is verlopen. Acht jaar na de brand, in 1560, zijn zowel het koor als het transept klaar om weer gebruikt te worden voor kerkdiensten. Twaalf jaar na het afbranden van de oude kerk, in 1565, is de nieuwe kerk klaar. Het is niet zo dat de kerk helemaal nieuw is. Zo maakt de steenhouwer Antonis Jorisz de oude, door de brand beschadigde stenen weer bruikbaar voor de herbouw van de kerk. Bouwmateriaal is namelijk veel duurder dan de salarissen van de arbeiders. De Sint-Jan is dus ook een duurzaam gebouw.
