Onder glas 1 ligt het graf van een beroemde man, Dirck Volkertsz Coornhert. Het puntdicht op het graf is van de hand van een vriend van Coornhert, Hendrik Laurensz Spieghel. Het zegt iets over Coornherts leven:
Hier rust Noch sticht
Wiens lust Zijn dicht
En vreugd Geschrijf
Was deugd Maar t’lijf
En t’waar Hier bleeft
Hoe swaar God heeft
t’Ook viel De ziel
Uit het grafdicht komt naar voren dat Coornhert iemand is geweest die goede daden erg belangrijk vindt en ook veel geschreven heeft. Spieghel vindt dat Coornherts boeken nog spreken na zijn dood.
Deze grafsteen heeft echter niet altijd op deze plek gelegen. Naar alle waarschijnlijkheid is Coornhert in eerste instantie in het koor van de kerk begraven. De grafsteen van Coornhert is een replica. Dat weten we doordat de datum die op Coornherts graf staat, 9 oktober 1590, niet klopt. Hij is waarschijnlijk overleden op 29 oktober 1590.
Coornhert heeft voor zijn tijd tegendraadse ideeën. Zo is hij als het ware een ambassadeur voor gewetensvrijheid, de gedachte dat mensen elkaar vrij moeten laten in hun (geloofs)overtuigingen. Hij is ook tegen sturende godsdienstpolitiek. De mensen moeten zelf kunnen kiezen waar ze in geloven, zo vindt Coornhert, en ze moeten dat geloof ook uit kunnen dragen. Je zou daarom kunnen zeggen dat Coornhert ook een voorstander is van godsdienstvrijheid. In de zestiende eeuw vaart het stadsbestuur van Gouda overwegend deze koers. Dat is bijvoorbeeld de reden dat de beeldenstorm in Gouda geen spoor van vernieling trekt.
Met zijn tegendraadse opstelling maakt Coornhert niet veel vrienden. Zo verbiedt het stadsbestuur van Leiden de tweede druk van zijn boek Proces vant ketterdoden ende dwang der conscientien, dat gaat over de vrijheid van geweten en van godsdienst. In Gouda wordt Coornhert niet gecensureerd. De Goudse drukker Jaspar Tournay drukt Coornherts boeken. Na Coornherts dood in 1590 geeft hij zelfs het verzameld werk van Coornhert uit.
In de loop van de zeventiende eeuw verandert de houding van Gouda tegenover Coornhert. Het kerkbestuur wordt calvinistischer. Het calvinisme is niet zozeer voor vrijheid, maar voor het brengen van mensen tot het ware geloof. Een inclusieve houding ten opzichte van andere overtuigingen hoort daar niet bij: je bent er immers van overtuigd dat jouw geloof de waarheid is. Deze nieuwe opvatting heeft gevolgen voor het beleid van de kerk en voor de manier waarop men tegen Coornhert aankijkt. Coornherts graf wordt geruimd en zijn grafsteen weggehaald. Het kerkbestuur heeft liever niet de beenderen van zo’n tegendraadse denker onder het dak van de Sint-Jan.
In de negentiende eeuw, toen Coornhert een sterrenstatus kreeg als een ‘held van het vaderland’ is een replica van Coornherts grafsteen weer in de kerk gelegd. Onder glas 1, het glas dat in eerste instantie een monument van de tolerantie is. De grafzerk herinnert tot op de dag aan Coornherts leven en strijd voor tolerantie.
