Halverwege de 16de eeuw kregen de adellijke bestuurders van de Nederlanden het aan de stok met hun landsheer Karel V en zijn opvolger Filips II. Deze Habsburgse vorsten probeerden een meer uniform bestuur en rechtspraak door te voeren en verhoogden de belastingen. De opstandige edelen onder leiding van de Heren van Oranje Nassau waren bovendien in hoofdzaak de religieuze denkbeelden van Luther, Calvijn en Zwingli toegedaan. Na hun geslaagde opstand tegen het Spaanse gezag voerden zij de "ware christelijke religie" in hun Republiek door. Voortaan was hier alleen de gereformeerde godsdienst toegestaan. Dit betekende een verbod op de openlijke uitoefening van de andere godsdiensten (joden, doopsgezinden en katholieken). De Twentenaren waren erg standvastig in hun geloof: ze bleven kerkdiensten houden, zij het in het geheim.
Inbeslagname van het Stift
Oldenzaal bleef lang het katholieke bolwerk in Twente. Toen ook deze stad in 1626 in handen van de opstandelingen (de Staten) viel, was het met die vrijheid gedaan. Ook het Stift was vanaf dat moment in protestantse handen. Johannes de Borch, rector van het Stift, werd afgezet en vervangen door predikant Adam Lindenhovius. De predikant hield het niet lang vol, mede door tegenwerking van de plaatselijke pastoor. Na 1633 was in geheel Twente het gereformeerde geloof de enige toegestane godsdienst. Abraham Putmannus vestigde zich in de pastorie op het Stift. Alle kerkelijke goederen, dus ook die van het Stift, werden in beslag genomen en de opbrengsten daaruit vloeiden voortaan naar de edelen en de dienaren van de nieuwe godsdienst. Om te weten wat tot het eigendom van het Stift behoorde, gaf de door de Ridderschap van Overijssel benoemde rentmeester in 1640 het bevel om een register van het bezit vast te leggen. De Ridderschap was eigenaar geworden en kon op eigen houtje het binnenkomende geld besteden. Voortaan ging de pachtopbrengst van het Stift naar de jufferen, de kerk (dominee, koster, schoolmeester) en anderen die een uitkering kregen. De boeren, woonachtig op de erven in het bezit van het Stift, zullen dwingend verzocht zijn zich tot de nieuwe religie te bekeren. Dat dit niet alom gebeurde, valt te begrijpen.
Verdwenen kerkschatten
In 1649 beval de drost van Twente "dat geen nieuwe cruysen op den kerkhof tot Weerselo moege gesettet ende die ander daer met ordre wechgenoemen werden". De drost bepaalde verder dat "om de kerk en de school van Weerselo te kunnen onderhouden zullen misgewaden, die vergulde montrantie, neffens een vergulden kelck, soo noch in de stiftskiste verwaert wort" verkocht moeten worden. Er is geen definitief besluit bewaard gebleven. Pas veel jaren later werd de kelk verkocht. Het voldoen aan de richtlijnen van de nieuwe godsdienst verliep niet zoals de overheid het graag had. De bisschop van Münster had in 1648 een groot gedeelte van zijn ambtsgebied, voornamelijk in de Achterhoek, verloren. Hij wilde dit terug. Met twee invallen en belegeringen (1665-1666 en 1672-1674) veroverde hij de oostelijke provincies Gelderland, Overijssel, Drenthe en Groningen. In die perioden kregen de katholieken hun bezittingen terug en kwamen de administratieve gegevens weer tevoorschijn. Van het Stift werden toen eiken kisten met papieren en documenten verbrand. De boeren hanteerden de gegevens volgens de opname van 1640 (pacht en andere verplichtingen). Ze waren het waarschijnlijk beu om steeds weer voor andere poppen te dansen: afwisselend voor de Ridderschap en twee keer voor Bernard van Galen. Hoewel, Bernard van Galen bracht in elk geval de mogelijkheid tot de uitoefening van het katholieke geloof weer terug. Met het verbranden van de documenten ging een schat aan informatie over de geschiedenis van het Stift verloren. Voor de armen brak er een andere tijd aan. Wilden zij blijvend bedeeld worden, dan moesten ze overgaan tot de "ware christelijke religie".
