Rond 1630 kreeg het protestantisme het in Rijssen voor het zeggen. De classis van Deventer zag er streng op toe dat in alle plaatsen de pastoor vervangen werd door een dominee en de schoolmeester niet langer "paaps" was. Vervolgens ging de Rijssense pastoor Rutger Braamcamp "over". De actieradius van de uitgebreide parochie werd in de loop van de tijd kleiner. In 1709 splitste kerkelijk Enter zich van Rijssen af. Later ging ook een deel van Ypelo over naar Enter. Elsen kreeg het niet gedaan zich daar ook bij aan te sluiten.
Patriottisch predikant
Predikanten kregen steeds meer status. De pastorie werd een culturele burcht; de predikant hoorde bij de notabelen en was ook politiek geïnteresseerd. Ds. Cramer was, zoals veel predikanten in deze gewesten, een overtuigd patriot. Daardoor raakte hij in de problemen toen de broer van Wilhelmina van Pruisen, eega van stadhouder Willem V, ons land binnenviel. Zijn generaal, Blücher, strafte Cramer behoorlijk af. Hij waagde het dan ook niet meer zich te bemoeien met de omzetting van vroedschap in municipaliteit; dat liet hij liever over aan dominee Schimmel uit Enter. Met de komst van Koning Willem I "keerden de oude tijden weêrom". De volgende predikant had niet alleen de steun van de kerkenraad nodig, maar ook toestemming van omliggende havezatenheren.
Afscheiding
Omstreeks 1840 ontbrandde een felle strijd tussen vrijzinnigen en orthodoxen. In deze periode bloeide de zogenaamde Groninger Richting, die de Messias niet direct zag als de Verlosser, maar meer als een voorbeeldig persoon, die deugdzaam nagevolgd diende te worden. Opvoeding werd belangrijker dan waarachtige bekering. Deze vrijzinnige opvattingen stuitten veel gemeenteleden tegen de borst. In groten getale verlieten de Hervormden de Schildkerk en kozen voor de Christelijk Gereformeerde Gemeente in de Walkerk. Het is niet mogelijk om de geschiedenis van de Afscheiding binnen dit kort bestek recht te doen. Wij volstaan met verwijzing naar diverse bronnen.
Gereformeerde Bond
Hervormd Rijssen schoof geleidelijk aan op in meer orthodoxe richting. De tegenstellingen verscherpten. De notabelen in Rijssen richtten in navolging van veel andere plaatsen een afdeling op van de vrijzinnige Nederlandse Protestanten Bond. Het gedrag van de predikanten werd nauwkeurig geobserveerd. Waren ze al te solidair met de jutefabrikanten? Was het in orde met "praat, gelaat en gewaad?" Met name aan de opstelling van ds. Gunning E.B.zn. is menselijkerwijs te danken dat de textielarbeiders niet en masse de kerk verlieten zoals in andere Twentse plaatsen het geval was. Niet lang na de oprichting in 1906 sloot de hervormde kerk van Rijssen zich aan bij de Gereformeerde Bond. De gemeente breidde zich gestaag uit, wat de bouw van een tweede kerk noodzakelijk maakte, de Westerkerk (1931), vervolgens in plan Zuid het gebouw Sion (1970) en later in het plan Veeneslagen De Hoeksteen (1988).
Afsplitsingen
In de periode dat dominee Van Tuyl in Rijssen predikant was, ontstond een nieuwe afsplitsing. Een conflict tussen hem en een deel van de kerkenraad had tot gevolg dat in 1955 een groep zich afscheidde, na enige omzwervingen samenkomend in "de Oranjekerk". Een andere afsplitsing ontstond na diverse besprekingen van een groep met de kerkenraad over de mogelijkheid om naast de Gereformeerde Bond ook ruimte te geven aan andere modaliteiten, meer in de richting van de Con-fessionele Vereniging. Dat leidde niet tot een compromis, waarna deze groep een eigen Hervormde gemeente oprichtte: De Open Hof. Een laatste denominatie, rechtstreeks uit de hervormde kerk afkomstig, is de Hersteld Hervormde Kerk, ontstaan naar aanleiding van de vorming van de Protestantse Kerk Nederland in 2003, een landelijk samengaan van de Gereformeerde Kerken en de Nederlandse Hervormde Kerk. Deze gemeente komt samen in de Westerkerk.
