Johann Dietrich von Heyden, commandeur van Ootmarsum, verzocht de landcommandeur van Westfalen omstreeks 1635 hem te ontslaan uit de Duitse Orde. Von Heyden wilde trouwen met Godanna van Bronckhorst tot Batenburg. Eerder was hij overgegaan tot het protestantse geloof. Daarnaast deed hij het voorstel zijn bezit Waldenburg in Sauerland te mogen ruilen tegen de Commanderie Ootmarsum. Na veel juridisch gekibbel over de eigendomsrechten kon Von Heyden in 1663 na een afkoopsom het gebouwencomplex met het uitgestrekte grondbezit en de vele horige boerenerven uiteindelijk zijn eigendom noemen.
Edelmanshuis
Door het huwelijk van Van Heiden ‒ de Duitse schrijfwijze veranderde in een Hollandse ‒ kreeg het Commanderiecomplex nu een geheel andere bestemming. Van klooster werd het gebouw min of meer een gezinswoning. De kapel werd voortaan als schuur gebruikt. Een schilderij van Meindert Hobbema uit 1670 toont een wat rommelig bouwwerk met weinig allure. Ook aan het interieur zal veel veranderd zijn. Een gezin met vier kinderen vraagt immers een geheel andere inrichting dan een klooster! Als edelmanshuis kreeg het Huis Ootmarsum nu de status van havezate. Dit hield in dat de bewoner mocht deelnemen aan het openbaar bestuur van de provincie Overijssel. In 1651 werd Van Heiden toegelaten tot de vergadering van Ridderschap en Steden van Overijssel. Omringd door dienstpersoneel en een rentmeester voerde de familie een staat die daarbij paste. Als generaal in dienst van de Duitse keizer verbleef Van Heiden vaak in het buitenland. Vanwege zijn verdiensten werd hij in 1655 door de keizer verheven tot baron van het Heilige Roomse Rijk. Als protestantse inwoner kreeg hij ook invloed in het bestuur van Ootmarsum. In 1669 overleed Van Heiden, maar werd pas in 1687 samen met zijn vrouw in de grote kerk bijgezet. Zijn grafsteen staat nu opgesteld in de hervormde kerk.
Bommen Berend
De oorlogsjaren 1672-1674 met de inval van bisschop Von Galen ("Bommen Berend") brachten de weduwe Van Heiden met haar kinderen veel narigheid. Er ontstond opnieuw geharrewar over het bezit van het Huis, waarbij Von Galen het complex toewees aan de Duitse Orde. De toegangspoort werd weer gesierd met schild en wapen van de orde. Het gezin Van Heiden nam zijn toevlucht in het poortgebouw. Dit was maar voor korte duur, want na de Vrede van Keulen in 1674 werd het Huis door de Staten van Overijssel teruggegeven aan de oudste zoon Georg Maximiliaan van Heiden. In 1688 overleed deze in Sas van Gent.
Drost van Twente
Na het overlijden van Georg van Heiden zwaaiden nog vier generaties van de familie Van Heiden de scepter op het Huis Ootmarsum. In 1754 verwierf Friedrich J.S. van Heiden de belangrijke functie van drost van Twente. Na zijn dood kwam deze post in handen van zijn zoon Sigismund V.L.G. van Heiden Hompesch. Met de dood van Anne Willem Carl van Heiden Hompesch in 1807 stierf de laatste heer van Huis Ootmarsum.
Renovatie en nieuwbouw
Na zijn benoeming tot drost van Twente begon Friedrich van Heiden met de verfraaiing van het voormalige Commanderiecomplex. De tuinen werden omgevormd tot een park met fonteinen, beelden en een tuinkoepel. Bij zijn status hoorde ook een familiegrafkelder in de kerk. In de buurt van het tegenwoordige hotel Landmarke kwam een wildbaan met herten en een jachthuis. Omstreeks 1780 volgde een ingrijpende verbouwing van het huis zelf. Er kwam een hoofdgebouw met één verdieping met aan de oostkant een lage zijvleugel. Het nieuwe Huis Ootmarsum was geen lang leven gegund. In de Franse Tijd verloren de havezaten hun staatsrechtelijke betekenis als noodzakelijk bezit voor de landadel om deel te nemen aan het politieke bedrijf. Hiermee viel voor het Huis Ootmarsum het doek: in 1811 werd het complex afgebroken, de grond en boerderijen werden verkocht. Het Molenhuisje bleef als enig restant bewaard.
