Na heel lang een schuilkerk te hebben gehad, mochten de katholieken vanaf 1795 gaan werken aan de stichting van een "echte" kerk. De Jacobuskerk aan de Oude Markt kwam gereed in 1841. Deze zou in 1932 vervangen worden door een nieuw gebouw. De rooms-katholieken in Enschede (in 1849 34%) behoorden tot de parochies van St. Jacobus de Meerdere in Enschede. Die parochie bestond in Lonneker al sinds 1837, met een eerste kerk in 1820. In 1894 werd de St. Josephkerk aan de Oldenzaalsestraat ingewijd. Het percentage rooms-katholieken was toen 29%. Onder de rooms-katholieken bestond al vroeg aandacht voor "de sociale quaestie": de zorg om arbeidsomstandigheden, woningomstandigheden en alcoholverslaving. Daaraan is onverbrekelijk de naam verbonden van Alphons Ariëns, priester in Enschede van 1886-1901. Hij was in 1895 onder meer oprichter van het koffiehuis/logement De Volksvriend. De rooms-katholieke kerk maakte in de eerste helft van de 20ste eeuw een grote bloeiperiode in Enschede mee. Dankzij de bevolkingsgroei en stadsuitbreiding groeide het aantal parochies en kerkgebouwen tot tien. Door ontkerkelijking en schaalvergroting is er nu nog maar één zelfstandige parochie: Enschede-stad. De vroegere parochies in Glanerbrug, Lonneker en Boekelo zijn opgegaan in bredere verbanden met omliggende plaatsen.
Hervormden
In de 19de eeuw stond 60% van de inwoners van Enschede als
Nederlands Hervormd te boek. Ze kerkten in de Grote Kerk aan de
Oude Markt en hadden drie voorgangers die elk een stroming in de
kerk vertegenwoordigden. In Usselo werd in 1839 door het
markebestuur een hervormde gemeente gesticht. Het kerkgebouw
dateert uit 1844. Gedurende de gehele 19de eeuw werd de Nederlandse
Hervormde Kerk gezien als de "grote" kerk, die ‒ wegens het
ontbreken van sociale wetgeving ‒ een belangrijke
ondersteunende rol had in geval van ziekte, armoede en ouderdom. De
overheid had toen nog slechts een aanvullende taak. Met de enorme
toestroom van arbeiders na 1870 groeide het aantal wijkgebouwen.
Inmiddels hebben veel van deze wijkgebouwen als gevolg van
ontkerkelijking een andere functie gekregen.
Gereformeerden
In Enschede was pas sinds 1869 sprake van een Christelijke
Gereformeerde gemeente, voortgekomen uit de Afscheidingsbeweging
van 1834. In 1886 ontstond ook een, uit de Doleantie voortgekomen,
Nederduits Gereformeerde Kerk. Deze groepen fuseerden tot de
gereformeerde kerk. Hun eerste kerkgebouw staat sinds 1894 aan de
Wilhelminastraat. Eén Christelijke Gereformeerde kerk bleef
zelfstandig. De gereformeerden telden in 1869 0,6% van de
bevolking, in 1899 5,9%. In 1944 ontstonden de Gereformeerde kerken
(vrijgemaakt), met als nieuwe afscheiding in 1967 de Nederlandse
Gereformeerde Kerken. In 2004 ging de (algemene) Gereformeerde Kerk
weer samen met de Hervormde Kerk.
Doopsgezinden
De doopsgezinden waren in Enschede ook in de 19de eeuw nog van
belang. Tot deze groepering behoren vanouds de ondernemersfamilies
als Blijdenstein en Jannink. In de loop van de eeuw nam hun aantal
af van 2,2% tot 1,1% van de bevolking. Een vermaning van de
menisten staat sinds 1769 aan de (huidige) Stadsgravenstraat, maar
wordt al lang niet meer door hen gebruikt. Samen met de
remonstranten en luthersen zijn de doopsgezinden opgegaan in een
Twentse streekgemeente.
Israëlitische gemeente
De "Joodse natie" werd in 1796 volledig gelijk gesteld aan de
andere bevolkingsgroepen. In Enschede werden al in 1750 joodse
erediensten gehouden; in 1762 was er een sjoel in de Walstraat. Er
waren toen ongeveer 50 (mannelijke) Joden. Volgens de
volkstellingen gold in 1849 een percentage van 4,0; en in 1899 van
3,1%. De synagoge aan de Walstraat werd in 1834 vervangen door een
sjoel aan de Stadsgravenstraat. Daar was ook de Joodse school. Tot
de Israëlitische gemeente behoorde onder meer de textielfamilie
Menko. Ondanks de massale deportatie en genocide tijdens de Tweede
Wereldoorlog, is de joodse gemeente in Enschede tot op heden
blijven bestaan. Anno 2012 telt de gemeenschap een 90-tal
leden.
Overige groepen
Van "ongodisme" in Enschede is voor het eerst in 1879 sprake.
Rond de eeuwwisseling was het percentage 1,7 % (ongeveer 650
personen). Het Leger des Heils vestigde zich in 1890 in Enschede.
Door migratie uit met name de Veenkoloniën kwamen er ook een
drietal apostolische gemeenten tot stand. Daarnaast zijn er in de
afgelopen tientallen jaren diverse evangelische gemeenten gevormd.
De toestroom van buitenlandse arbeiders bracht vanaf de jaren
zestig ook de Islam naar Enschede. Ongeveer 8% van onze bevolking
belijdt dit geloof. Ze zijn oorspronkelijk vaak afkomstig uit
landen rond de Middellandse zee. Er zijn drie moskeeën gebouwd.
Sinds de jaren tachtig wonen in Enschede ongeveer 3.000 Suryoye,
leden van de Syrisch-Orthodoxe Kerk.