In de herfst van 1718 kwam de bejaarde Schnitger in gezelschap van zijn zoon Franz Caspar naar Zwolle, inspecteerde de kerk en ontwierp een drieklaviers orgel. Voor de kenners: met 35 stemmen in de klavieren en 11 in de pedalen, met 2958 pijpen, sprekende op 5 sleepladen, en voorzien van 8 blaasbalgen. De Duitse meester vroeg er 13475 caroli guldens voor en dan moest de stad zelf maar zorgen voor het snij- en beeldhouwwerk. [Veen, W. van der, "750 jaar Zwolsen, Zwollenaren en hun vertier", in: Ach Lieve Tijd (1980)].
Het Schnitger-orgel in de Grote Kerk behoort tot de belangrijke Europese orgels uit de 18de eeuw. Het Barokorgel werd in 1719 ontworpen door de beroemdste orgelbouwer van die tijd, Arp Schnitger (1648-1719), en gebouwd door zijn zonen Frans Casper en Johann Georg. De familie kwam uit de buurt van Hamburg in Duitsland en had behalve in die stad ook werkplaatsen in Maagdenburg, Bremen en Groningen.
Al in de vroege Middeleeuwen maakte orgelmuziek een belangrijk
onderdeel uit van de erediensten in de kerken. Waarschijnlijk
stond, zeker in de glorietijd van de Latijnse school van Johan
Cele, het muziekleven in Zwolle op een hoog peil. De Grote Kerk
bezat tegen het einde van de 15de eeuw twee kleine orgels en één
groot orgel. Het grote orgel werd in de loop der jaren enkele keren
ingrijpend gerepareerd en aangepast, maar heeft uiteindelijk toch
bijna 170 jaar dienst gedaan. Toen sloeg het noodlot toe. In 1669
werd de bijna 115 m hoge toren van de Grote Kerk, de hoogste van
ons land, getroffen door een bliksemslag. Bij die inslag ging de
houten spits verloren en werd de toren zo zwaar beschadigd dat hij
op 17 december 1682 met donderend geraas instortte. Daarbij werd
het oude orgel gedeeltelijk verwoest.
In de jaren die volgden klonk geen orgelmuziek meer in de Grote
Kerk en moest Zwolle het doen met een niet al te best functionerend
orgel in de Bethlehemkerk. Geld om een nieuw orgel te laten bouwen
had de stad niet. De reparatie van de zwaar beschadigde Grote Kerk
ging voor. Bovendien was het niet makkelijk een goede orgelbouwer
te vinden. Tussen 1500 en 1670 had Zwolle nog een bekend
orgelbouwersgeslacht binnen de stadsmuren, de familie Sleger. Maar
het bedrijf van deze familie bestond dus in 1682 niet meer. Ook
buiten Zwolle was de keus moeilijk. De ooit gerenommeerde
Nederlandse orgelbouwers hadden hun leidende positie moeten afstaan
aan Duitsland.
Toch stelde Zwolle alles in het werk om het orgel te vervangen. Er
kwamen inzamelingsacties en het stadsbestuur bezuinigde op de
overvloedige maaltijden van de schepenen. Door een schenking
van f 14.000,‒ aan de stad door burgemeester Bernhard
Huete werd de bouw van een nieuw orgel mogelijk.
Arp Schnitger had zich in de Hanzestad Hamburg grote faam verworven
als orgelbouwer. Ook in ons land was hij bekend. Hij bouwde onder
andere orgels in Groningen en Friesland. In 40 jaar tijd bouwde hij
meer dan 80 orgels. In 1718 werd hij uitgenodigd door het
stadsbestuur voor het maken van een ontwerp en een prijsopgaaf. Hij
kwam naar Zwolle en nog datzelfde jaar bood hij het stadsbestuur
een uitvoerig plan voor de bouw van een groot orgel aan. Een orgel,
zoals hij aan het stadsbestuur schreef, dat "sich sehr füglich in
der schönen Michaelis Kirche alhier in der Stadt Zwoll nach
derselben guthe proportion sich schicken könte." Kortom, hij maakte
een orgel dat precies op maat was voor de Grote Kerk. Voor de bouw
had hij een werkplaats nodig en die zouden zijn zoons later ook
toegewezen krijgen in de Onze Lieve Vrouwekerk aan de Ossenmarkt.
Op 3 januari 1719 ondertekenden de Zwolse bestuurders het contract
voor de bouw van het orgel tegen een prijs van 13.475 caroli
guldens. Daar zouden nog kosten bij komen voor het maken van het
front en het beeldhouwwerk door de Amsterdammer Jurrien
Westerman.
Vader Schnitger overleed een paar maanden later, waarna zijn zonen
het werk afmaakten. In het bestek werd nog uitgegaan van een orgel
met 46 stemmen (een groep pijpen die dezelfde klankkleur
voortbrengt, heet een stem). Tijdens de bouw werd het aantal
stemmen van het orgel twee keer uitgebreid, zodat de klankkleur van
het Schnitger-orgel in Zwolle ook tegenwoordig nog door 63 stemmen
wordt bepaald.
In september 1721 werd het orgel door drie bekende organisten uit
Amsterdam, Rotterdam en Den Haag gekeurd. Ze gaven de familie
Schnitger veel lof, al kraakten ze ook enkele kritische noten. De
gebroeders Schnitger legden de kritiek naast zich neer, zodat het
orgel ongewijzigd bleef.
In de jaren 1953-1955 is het orgel bekwaam gerestaureerd door de firma Flentrop. Het Schnitger-orgel speelt ook in onze tijd een belangrijke rol in het kerkelijke en culturele leven van Zwolle. Het wordt regelmatig bespeeld door bekende organisten uit binnen- en buitenland. Bijna wekelijks vinden uitvoeringen plaats. De maand september is de inmiddels traditionele Zwolse Orgelmaand.