De stad had deze eervolle uitverkiezing in eerste instantie te danken aan haar centrale ligging in het nieuwbakken departement. De nieuwe Zwolse status was echter ook een afspiegeling van de in de loop der eeuwen geleidelijk verschoven verhoudingen tussen de drie hoofdsteden van het voormalige gewest Overijssel. De Zwartewaterstad had qua bevolkingsomvang en ontwikkeling haar concurrenten ver achter zich gelaten. [Hove, J. ten, Geschiedenis van Zwolle (Zwolle 2005)].
Bij de keuze voor Zwolle als hoofdstad van Overijssel tijdens de Bataafse Republiek (1795-1806) keken de oude rivalen Deventer en Kampen tandenknarsend toe. Zwolle maakte weliswaar deel uit van het bondgenootschap van de drie steden, dat samen met de ridderschap de dienst uitmaakte in de provincie, maar was toch lange tijd de mindere van Deventer en Kampen geweest. Vanaf de 14de eeuw was er een min of meer vaste volgorde in de macht van de drie steden. Bestuurlijk gezien trok Deventer lange tijd aan de touwtjes, maar ook Kampen was door haar gunstige ligging aan de IJssel en in de nabijheid van de Zuiderzee tot ver in de Middeleeuwen Zwolle de baas.
De samenwerking tussen de drie steden was al oud. Het eerste bondgenootschap tussen Deventer, Kampen en Zwolle dateert uit 1317. De voordelen waren voor alle drie steden gelijk: samen stonden ze sterker tegenover de adel en de landsheer (de bisschop van Utrecht), en samen konden ze beter hun handelspositie beschermen, bijvoorbeeld in de tijd van de Hanze. Dit bondgenootschap werd door de eeuwen heen voortdurend vernieuwd, waarbij Deventer primus inter pares bleef. De vergaderingen van de drie steden vonden in die tijd vaak plaats in het klooster Windesheim bij Zwolle.
De verdeling van de macht tussen de drie steden begon te verschuiven gedurende de 15de en 16de eeuw. De belangrijke rol van de IJssel voor het scheepvaartverkeer werd overgenomen door de veel bredere en diepere Rijn. Deventer en Kampen raakten daardoor de voordelen van hun eens zo gunstige ligging kwijt. Voor Zwolle boden deze ontwikkelingen juist kansen. Door de verzanding van de IJssel kozen de schippers voortaan voor het Zwartewater als route voor het goederenvervoer naar Duitsland. Zwolle werd, mede door de goede banden met Amsterdam, het belangrijkste overslagcentrum van goederen in het binnenland.
Tijdens de Tachtigjarige Oorlog sloot Overijssel zich aan bij de Republiek der Verenigde Nederlanden. Ieder gewest en elke stad was een min of meer autonome staat met vergaande bevoegdheden op wetgevend, bestuurlijk en uitvoerend niveau. Het provinciaal bestuur bleef als vanouds in handen van de ridderschap en de drie IJsselsteden. Zij vormden samen de Staten van Overijssel. Zwolle sloot zich in 1588 bij dit gezelschap aan.
De Staten van Overijssel vergaderden meestal afwisselend in één van de drie steden. Het geeft aan dat Deventer, Kampen en Zwolle wat hun macht betreft min of meer gelijkwaardig waren geworden. Ook hun inwoneraantal was bijna gelijk. Rond 1600 bedroeg dat voor Deventer ongeveer 9.000, voor Kampen 8.700 en voor Zwolle 8.600. In de 17de eeuw verschoof dit beeld. Het aantal inwoners van Deventer en Kampen daalde, terwijl dat van Zwolle steeg.
In 1798 werd het regionale bestuur naar Frans model opgezet. Zwolle werd aangewezen als hoofdstad van het Departement van den Ouden IJssel. Dat was het geheel van Overijssel, Drenthe, het zuidoosten van Friesland en het noordelijke deel van de Veluwe. Zwolle had haar uitverkiezing vooral te danken aan de centrale ligging van de stad in het nieuwe departement. De verkiezing van Zwolle als hoofdstad toont echter ook de gewijzigde verhoudingen tussen de drie steden aan: Zwolle was Deventer en Kampen economisch en bestuurlijk voorbij gestreefd en had inmiddels een aanzienlijk groter aantal inwoners. In 1795 telde Zwolle 12.220 inwoners, Deventer 8.287 en Kampen 6.214.
Het Franse model voor de nieuwe departementen betekende ook een belangrijke verschuiving van de macht. De departementen en ook de steden verloren hun eeuwenlange autonomie. Het Uitvoerend Bewind in Den Haag maakte duidelijk dat de gewestelijke en plaatselijke besturen "blotelijk administratieve lichamen" waren. De bestuurders moesten zich voortaan houden aan het uitvoeren van de instructies van de nationale overheid. De koerswijziging was meteen te merken. De bestuurders werden belaagd met een stortvloed aan nieuwe wet- en regelgeving uit Den Haag en werden gedwongen tot uitvoerige rapportages.
Het departementaal bestuur (later provinciaal bestuur) vestigde zich definitief in Zwolle. Eerst betrok dit bestuur panden aan de Blijmarkt en de Koestraat en vanaf 1803 een voornaam woonhuis in de Diezerstraat, op de plek waar nu de centrale bibliotheek van Zwolle is gevestigd. Door de aankoop van ernaast liggende panden werd het complex steeds verder uitgebreid. De vergaderingen vonden later plaats in de Statenzaal, gebouwd en ingericht in 1898 in neo-gotische stijl. Hoogste bestuurder van de provincie was de Gouverneur, de tegenwoordige Commissaris van de Koning. Zijn ambtswoning stond aan het Ter Pelkwijkpark bij het Kerkbrugje, waar nu het appartementengebouw met de naam Genverberg ligt. De zetel van het provinciaal bestuur is sinds 1972 gevestigd aan de Luttenbergstraat.
