De naam Holten is mogelijk al in de vroege Middeleeuwen of nog eerder ontstaan. Er bestaan allerlei gedachten over de betekenis van de plaatsnaam. Er is onder meer gedacht dat deze naam te maken zou hebben met de laagte ("holte") in de Sallandse heuvelrug. Tegenwoordig wordt aangenomen dat de naam Holten in verband staat met het woord "holt". Holt is een oud woord voor een relatief dicht hoogopgaand bos. Een bos met veel open plekken waar men vee liet weiden werd "loo" genoemd (Espelo, Markelo, Loo-Bathmen). Het achtervoegsel "en" achter het woord holt betekent zoiets als "de (woon)plaats bij". Holten betekent dus waarschijnlijk woonplaats bij het bos.
Bosrijk gebied
Vermoedelijk is de Holterberg vroeger een groot woud geweest. Het Holter holt kan een restant zijn geweest van het oerbos dat in de prehistorie vrijwel heel Nederland bedekte. Ook de namen van enkele oude wegen herinneren nog aan het bosrijke karakter van Holten: Steenroddeweg en Eeckholtweg. Eekholt betekent eikenbos en "rodde" (rode, rooien) zou op een ontginning van bos kunnen wijzen. De naam Holten als houtrijk gebied contrasteert met dat van het buurtdorp Rijssen of Riess'n, dat duidt op een moerasgebied met takken- of rijshout.
Bisschop Bernulfus van Utrecht
In het jaar 1046 wordt de naam Holten voor het eerst genoemd in een schenkingsoorkonde van de Duitse keizer Hendrik III. Deze keizer schonk in 1046 delen van het vervallen graafschap Hamaland aan bisschop Bernulfus van Utrecht. Het geschonken gebied rondom Deventer werd aan de noordoostzijde begrensd door kasteel (donjon) "Weicggestapelen" onder Holten, dat ook in 1010 al eens in een oorkonde voorkomt. Het grondgebied van Holten maakte sinds de kerstening van de Saksen rond 800 deel uit van het bisdom Utrecht. Door de schenking aan Bernulfus oefenden de Utrechtse bisschoppen voortaan ook de wereldlijke macht uit over dit gebied. Daarmee kreeg de bisschop ook de rechtsmacht en het recht van munt en tol in het voormalige Hamaland. Beetje bij beetje kreeg de bisschop heel Overijssel in handen. Bijna 500 jaar zouden de bisschoppen van Utrecht de dienst in het zogeheten Oversticht blijven uitmaken.
Holten zelfstandig
Tot 1348 viel Holten onder het kerspel of de parochie Rijssen. In dat jaar splitste Holten zich af en vormde een eigen kerspel. Men beschikte blijkbaar vanaf dat moment over een eigen kerk. Ook in bestuurlijke zin werd Holten zelfstandig. Het vormde een eigen schoutambt, waar een dienaar, de schout, namens de landsheer bestuurlijke en juridische taken vervulde. Het gebied van het schoutambt viel min of meer samen met de latere gemeentegrens.
