Omdat Utrecht vaak slachtoffer was van de rooftochten van de Noormannen verplaatste bisschop Odibald in 895 zijn zetel naar Deventer. Met hem vestigden zich hier ook handelaren, met name uit het bedreigde Dorestad. De sarcofaag, die nog in de Lebuinuskerk aanwezig is, bevatte waarschijnlijk delen van het gebeente van bisschop Radboud, de opvolger van Odibald. Onder bisschop Balderik werd in 925 de bisschopszetel weer naar Utrecht verplaatst, maar tot ver in de middeleeuwen bleef Deventer fungeren als tweede residentie van de bisschop.
De bisschop als landsheer
In 1046 gaf koning Hendrik III het gezag over Deventer en omstreken in handen van de bisschop van Utrecht, die daardoor de landsheer werd over het gebied dat het Oversticht werd genoemd. Alle inkomsten uit tollen, alsmede de muntslag en de rechtspraak werden overgedragen aan de bisschop. De wapens in de gevel van het tegenwoordige Landshuis tonen nog de adelaar van het Duitse keizerrijk en de roodwitte kleuren van de landsheer, de bisschop van Utrecht.
Een romaanse basiliek
In 1040 gaf bisschop Bernold opdracht tot het bouwen van een romaanse basiliek, gewijd aan Lebuïnus. Aan de noordzijde werd het Deventer paleis van de bisschop tegen de kerk gebouwd. Van de oude basiliek die in de 15de eeuw verbouwd werd tot de huidige gotische hallenkerk resteren nog enkele tufstenen muren, een aantal pilaren en de crypte. In de crypte werden relieken van heiligen bewaard en vereerd. Ook vervulde deze kerk-in-de-kerk een rol in de eredienst van de Goede Week en het daarop aansluitende feest van Pasen. Er bevinden zich nu nog een put, resten van een altaar en zes fraai gegroefde en geschubde zandstenen zuilen. Schilderingen met onder meer motieven uit het lijdensverhaal van Christus sieren het gewelf.
Kapittelhuizen en proosdij
De kapittelheren of kanunniken hielden zich behalve met de zorg voor de eredienst ook bezig met bestuur en rechtspraak namens de bisschop en met het beheer van de goederen van bisschop en kapittel. Vanaf de 11de eeuw woonden ze in aparte huizen, gelegen tussen Kleine Poot en Sandrasteeg. Van één der kapittelhuizen, het zogenaamde Deken Doyshuis, is nog een gevel bewaard gebleven en hersteld. De deken was het geestelijk hoofd van het kapittel. De proost, woonachtig in de proosdij, was de zakelijk leider.
De kapittelschool
Vanaf het midden van de 12de eeuw was in Deventer ook de kapittelschool of koorschool gevestigd. Er werd voornamelijk onderwijs gegeven in Latijn en zangkunst. De school zou in 1375 overgaan naar het stadsbestuur en als stedelijke Latijnse school grote bekendheid verwerven. De school werd eind 15de eeuw verplaatst naar het Grote Kerkhof.
Overige middeleeuwse kerken in Deventer
De Bergkerk werd gebouwd rond 1200. Het pastoraat was in handen van paters Norbertijnen uit het Duitse klooster Varlar. Deze aan Sint-Nicolaas toegewijde kerk was waarschijnlijk de eerste parochiekerk van Deventer. De tweede parochiekerk was de Mariakerk, die in het begin van de 14de eeuw tegen de Lebuïnuskerk werd aangebouwd. Deze kerk verloor in 1591, na de reformatie, haar functie en raakte daarna in verval. De Broederenkerk werd rond 1335 als kloosterkerk gebouwd bij het klooster van de minderbroeders Franciscanen. Het is nu de enig overgebleven katholieke kerk in de binnenstad.
