Ook in Waterland was te zien dat de gereformeerde kerk de 'algemene' of 'publieke' kerk was geworden. Alle oude, uit de middeleeuwen daterende kerkgebouwen waren ingericht voor de protestantse eredienst, waarin de verkondiging van Gods woord (en dus de preekstoel) centraal stond. Katholieken, doopsgezinden, evangelisch-luthersen en joden waren 'gedoogde minderheden' geworden, vrij in het belijden van hun godsdienst, mits daar in het openbare leven maar niet te veel van bleek. Hun godshuizen mochten er niet al te opvallend uitzien. Ook niet in plaatsen waar hun aantallen groot waren, zoals in Middelie, waar de doopsgezinden in de meerderheid waren. Terwijl er ook heel wat mensen waren, die het katholieke geloof trouw waren gebleven. En daarnaast nam in de loop van de tijd het aantal evangelisch-luthersen sterk toe door immigratie van uit Noord- en West-Duitsland afkomstige maaiers. De Joodse gemeenschappen zijn in Waterland getalsmatig vrij klein gebleven.
Net als heel Nederland was dus ook Waterland een land van minderheden. Een land, waar niemand om zijn geloof vervolgd werd en waar soms ook rekening gehouden werd met wat iemand vanwege zijn geloof moest doen of laten. Zo hoefden de doopsgezinden, die elke vorm van wapengebruik afwezen, in tijd van oorlog geen militaire plichten te vervullen. Die konden ze af kopen. Wél was het in de Republiek regel, dat wie voor hogere bestuursambten in aanmerking wilde komen, tot de gereformeerde kerk diende te behoren. In die zin waren andersdenkenden daardoor toch een soort tweederangsburgers, wat zij tot aan de Bataafse omwenteling in 1795 gebleven zijn.
Het klimaat van vrijheid en verdraagzaamheid maakte, dat de Republiek een vrijplaats was voor andersdenkenden. Hier was ruimte voor nieuwe ideeën en zienswijzen, zowel in woord als in geschrift. Bij het propageren, ingang doen vinden en bediscussiëren van nieuwe denkbeelden en nieuwe wetenschappelijke inzichten waren verschillende Waterlanders betrokken. In de eerste plaats de Purmerender arts, wiskundige en filosoof Bernard Nieuwentijt (1654-1718), die beroemd werd met zijn visie op de verhouding godsdienst en wetenschap. Die stonden voor hem allerminst op gespannen voet met elkaar. Integendeel: elk nieuw wetenschappelijk inzicht toonde volgens hem juist de complexiteit van de natuur en daarmee de indrukwekkendheid van Gods schepping aan. Nieuwentijts in 1715 verschenen boek 'Het regt gebruik der wereltbeschouwingen' bevat een uitgebreid overzicht van de stand van de toenmalige wetenschappelijke inzichten, geschreven voor een breed publiek. En in zijn in 1720 postuum verschenen boek 'Gronden van Zekerheid' zette hij zijn kritiek op het denken van de beroemde filosoof Baruch de Spinoza (1632-1677) uiteen. Nieuwentijts boeken werden veel gelezen en hij was daardoor een belangrijke wegbereider voor de denkbeelden van de Verlichting. Dat Verlichtingsdenken kreeg ook onder een aantal predikanten aanhang, zoals de gereformeerde dominee Jan Floris Martinet (1729-1795), die van 1759 tot 1775 in Edam het predikantschap vervulde. Zijn beroemde Catechismus der Natuur sloot aan bij het denken van Nieuwentijt. Hij schreef dit werk overigens pas in Zuphen, waar hij vanaf 1775 op de kansel stond. En van nationale betekenis waren ook de doopsgezinde vermaner (predikant) Jan Nieuwenhuijzen uit Monnickendam, en zijn zoon Martinus Nieuwenhuijzen uit Edam, die in 1784 samen met enige anderen in Edam de Maatschappij tot Nut van het Algemeen oprichtten. Doel van 'het Nut' was om ook gewone mensen in staat te stellen kennis op te doen en zich te scholen en te ontwikkelen. In dat kader heeft 'het Nut' een belangrijk aandeel gehad in de verbetering van het onderwijs en de ontwikkeling van nieuwe lesmethoden. Ook stond 'het Nut' aan de wieg van het openbare bibliotheekwezen in ons land. Met verschillende afdelingen in Waterland moet de invloed van 'het Nut' aanzienlijk zijn geweest.
Ook de Beemster domineesvrouw en schrijfster Betje Wolff-Bekker (1738-1804) en haar vriendin en medeschrijfster Aagje Deken (1741-1804) waren geïnspireerd door de ideeën van de Verlichting. De vrijheid van ieder mens om eigen keuzes te maken, zich te ontwikkelen en te ontplooien en zo naar een gelukkig bestaan te streven stond bij hen voorop. In de Nederlandse literatuur worden zij als de eerste romanschrijvers beschouwd.
