Nederland werd de laatste twee decennia van de achttiende eeuw verscheurd door politieke tegenstellingen, die gaandeweg leidden tot een sterke polarisatie tussen 'patriotten' en 'prinsgezinden'. De eerste groep streefde naar 'vrijheid, gelijkheid en broederschap', vooral om de oude zelfstandigheid van steden en gewesten te behouden, de tweede wenste de stadhouder uit het vertrouwde huis van Oranje meer macht te verlenen, zo niet met koninklijk gezag te bekleden. De eerste groep zou zich laten inspireren door de Amerikaanse Onafhankelijkheidsverklaring, en wat later door de Franse Revolutie; de tweede zag meer in het conservatisme en de macht van Pruisen en vooral ook Engeland. In deze verwarde tijden ging de zelfstandigheid van Nederland aan het einde van de achttiende eeuw verloren: het werd bezet door Franse troepen. Tussen 1806 en 1810 werd het een Koninkrijk Holland, onder leiding van de broer van de Franse keizer, Lodewijk Napoleon. Hij deed zijn best, maar geliefd werd hij niet – daarvoor was het Franse bewind te drukkend – en zijn broer Napoleon maakte er in 1810 een einde aan: Nederland werd simpelweg bij Frankrijk ingelijfd.
Ook in Haarlem heerste felle onenigheid tussen de patriotten en de prinsgezinden. Maar naarmate de Franse heerschappij meer ging knellen en door een verbod van de handel op Engeland de algemene verarming in de stad steeds meer om zich heen greep, zwakte de jubel over de verworven vrijheid, gelijkheid en broederschap af. Toen Napoleon in 1813 verslagen was, haastten ook de Haarlemse bestuurders zich om de teruggehaalde zoon van de laatste stadhouder te begroeten als koning Willem I. Nederland was in deze overgangstijd niet langer formeel een ingewikkeld samenwerkingsverband van aparte gewesten, maar een eenheidsstaat. Niet langer waren de steden zelfstandig, de macht lag voortaan in Den Haag. Dit betekende bijvoorbeeld dat de steden niet langer zelfstandig mochten rechtspreken, munten slaan, tollen of soortgelijke belastingen en cijnzen heffen. Ook Haarlem was niet langer 'een staat in de staat', met het recht om eigen vertegenwoordigers naar de Staten-Generaal te sturen. Alle steden en gewesten waren onderworpen aan één systeem van recht en wet, ondergeschikt aan de nationale overheid. Omdat de regering in Den Haag er niet zeker van was dat Amsterdam zich zou schikken in deze statusverlaging, werd Haarlem (en niet Amsterdam) in 1814 verkozen als hoofdstad van de provincie Holland, en - na de splitsing in noord en zuid in 1840 - van de provincie Noord-Holland.
Als Provinciehuis en zetel van de Commissaris der Koningin wordt het voormalige Paviljoen Welgelegen gebruikt. Dit werd gebouwd tussen 1785 en 1788, in opdracht van een lid van de bankiersfamilie Hope. Deze statige behuizing werd tussen 1806 en 1810 bewoond door Lodewijk Napoleon. Dat was in de periode dat hij koning was over het Koninkrijk Holland. Tussen 1814 en 1820 werd Paviljoen Welgelegen bewoond door prinses Wilhelmina van Pruisen, zij was de weduwe van de laatste stadhouder, Willem V, en de moeder van de nieuwe koning, Willem I. Na haar dood heeft het gebouw lang leeggestaan. Tussen 1838 en het jaar 1926, toen het als Provinciehuis in gebruik werd genomen, heeft het diverse musea en instanties gehuisvest.