De algemene tendens tot schaalvergroting op bestuurlijk gebied in de 20ste eeuw ging niet aan de Rijnlandse polders voorbij. Met het oog op een doelmatiger en effectiever waterbeheer werden met ingang van 1 januari 1979 alle polders in Rijnland opgeheven en samengevoegd tot zes nieuwe waterschappen en twee zogenaamde polderafdelingen van Rijnland. De fusie van 1979 werd in het Zuid-Hollandse deel van Rijnland gevolgd door verdere fusies in 1990, 1994 en 1999. Binnen het hoogheemraadschap van Rijnland lagen toen nog drie waterschappen die belast waren met het waterkwantiteitsbeheer in de polders. Het waterschap Groot-Haarlemmermeer omvatte alle Rijnlandse polders in de provincie Noord-Holland. De in Zuid-Holland gelegen Rijnlandse polders maakten deel uit van de waterschappen De Oude Rijnstromen en Wilck en Wiericke.
In 2003 besloten de colleges van gedeputeerde staten van Noord- en Zuid-Holland tot opheffing van deze drie waterschappen en van het hoogheemraadschap van Rijnland met ingang van 1 januari 2005. Met ingang van dezelfde datum werd het 750 jaar oude hoogheemraadschap van Rijnland opnieuw ingesteld. Reden voor deze fusie was de gemeenschappelijke provinciale doelstelling om in het beheersgebied van de nieuwe organisatie de waterstaatkundige zorg integraal te organiseren. Integraal wil zeggen: in al zijn met elkaar samenhangende facetten, voor zover dat reglementair tot de taak van de organisatie gerekend kon worden.
De taak van deze nieuwe organisatie is de zorg voor de waterkering, voor het kwantiteitsbeheer en het kwaliteitsbeheer van oppervlaktewateren, voor de zuivering van stedelijk afvalwater, voor de vaargelegenheid in aangewezen wateren en tenslotte, tezamen met aangrenzende waterschappen, de zorg voor de landscheidingen. De zetel van het hoogheemraadschap werd Leiden. Door de fusie werd de waterstaatkundige zorg voortaan op een andere wijze en plaats, met andere mensen en in nieuwe samenwerking uitgevoerd. Het doel bleef hetzelfde, namelijk een optimaal waterstaatkundig functioneren in een dynamische omgeving.
»Bijschrift bij de afbeelding:
Het Rijnlandhuis aan de Archimedesweg in Leiden. In december
1999 verhuisde het hoogheemraadschap van de Leidse binnenstad naar
dit nieuwe gebouw. Door de fusie tussen het hoogheemraadschap en de
drie daarbinnen gelegen waterschappen op 1 januari 2005 werd het
Rijnlandhuis de zetel van het nieuwe hoogheemraadschap van
Rijnland.