In IJsselstein is de Tweede Wereldoorlog betrekkelijk rustig verlopen. Direct oorlogsgeweld heeft hier nauwelijks plaatsgevonden. Kort voor het uitbreken van de oorlog wordt bekend dat ondere andere IJsselstein is aangewezen als opvangcentrum voor evacués uit het gebied tussen de Grebbelinie en de Nieuwe Hollandse Waterlinie. Na inventarisatie kunnen 400 katholieke en 600 protestantse evacués worden ondergebracht, maar uiteindelijk komen meer dan 3.000 vluchtelingen naar IJsselstein. Zij keren na de meidagen van 1940 weer huiswaarts. In 1944 wordt IJsselstein opnieuw gevraagd vluchtelingen uit de frontlinie rondom Arnhem en Oosterbeek op te vangen. Zij worden in verband met het voedselprobleem vooral ondergebracht bij boerengezinnen.
Ook het plaatselijk bestuur ondervindt de gevolgen van de bezetting. De gemeenteraad wordt opgeheven. Burgemeester Johannes Abbink Spaink blijft op zijn post om zo te proberen de belangen van IJsselstein te dienen. Bij een staking op 1 mei 1943 kan hij met moeite voorkomen dat drie mensen worden geëxecuteerd. Kort hierna wordt hij ontslagen. In zijn plaats wordt de NSB'er Henri Moot benoemd. Hij krijgt te maken met een overval op het gemeentehuis op 13 maart 1944. Daarbij worden persoonsbewijzen en distributiebonnen buitgemaakt, en de burgemeester en enkele ambtenaren opgesloten in de kluis. In mei 1945 keert Abbink Spaink terug op zijn post.
Bij een landelijke razzia op Roma en Sinti zijn op 16 mei 1944 een kleine twintig personen opgepakt en naar kamp Westerbork overgebracht. Twee van hen zijn in IJsselstein aangehouden. De anderen waren daags tevoren gevlucht en zijn elders in het land opgepakt. Van de personen die vervolgens op 19 mei 1944 op transport zijn gezet naar kamp Auschwitz, heeft niemand de oorlog kunnen overleven.
Een ander gevolg van de oorlog is dat veel jonge mannen verplicht te werk worden gesteld in Duitsland. Het gaat om 450 personen, waaronder 50 vrijwilligers. Het sociale en maatschappelijke leven raakt meer en meer ontwricht door de afwezigheid van jonge mannen. Sommigen zijn tijdens een verlof in IJsselstein ondergedoken, maar de meesten keren pas na de bevrijding terug.
Direct na de bevrijding worden op veel plekken in Nederland gedenktekens opgericht ter nagedachtenis aan de omgekomen burgers, militairen en verzetsmensen. Ook in IJsselstein wordt een monument geplaatst.
