Begin juni 1672 valt het Frankrijk van koning Lodewijk XIV, samen met Engeland en de twee Duitse bisdommen Keulen en Munster, de Republiek der Verenigde Nederlanden aan. Het Staatse leger, dat veel zwakker is dan het Franse, trekt zich terug achter de Hollandse Waterlinie, waardoor IJsselstein onverdedigd wordt gelaten.
Er volgen een aantal bezettingen, en de Fransen passen de techniek van het inunderen toe: de Lekdijk wordt bij het Klaphek en bij Vreeswijk doorgestoken. De inundaties bezorgen IJsselstein veel overlast. De gaten bij Vreeswijk en het Klaphek zouden pas in respectievelijk juni en september 1673 worden gedicht.
Het stadsbestuur probeert op basis van de soevereiniteitsrechten, als zelfstandige baronie, neutraliteit te verkrijgen zodat er geen troepen meer in de stad worden gelegerd en er geen belasting meer hoeft te worden betaald. Hiertoe gaat de schout op 19 oktober 1672 naar stadhouder prins Willem III, de heer van IJsselstein, die met de neutraliteitsverklaring akkoord kan gaan als ook de Franse bevelhebber, de hertog van Luxembourg, hiermee instemt. Maar deze wil hiervoor geld zien.
Gedurende de onderhandelingen die volgen neemt de overlast van troepen in IJsselstein toe. Uiteindelijk wordt in een brief van 24 oktober 1673 een betaling van fl. 10.000 geëist met het dreigement IJsselstein te verwoesten. Het stadsbestuur kan dit bedrag terugbrengen tot fl. 5.000, waarvan fl. 2.700 wordt voldaan. De overige fl. 2.300 wordt nooit betaald, omdat de Fransen de Republiek dan al hebben verlaten.
In vergelijking met andere plaatsen in Utrecht en met name in de Lopikerwaard, heeft IJsselstein het er redelijk goed vanaf gebracht. Er hebben geen moordpartijen en verwoestingen plaatsgevonden als in bijvoorbeeld Breukelen en Woerden.
