In 1566 voltrok zich in de meeste delen van ons land de Beeldenstorm, ook in de stad Utrecht. Aanvankelijk bleven de Biltse kloosters, waar de meeste Biltenaren waarschijnlijk ter kerke gingen, gespaard. Maar na 1579 liep het aantal sterk terug. Oostbroek telde in 1580 nog maar drie of vier kloosterlingen. Het klooster verkeerde in vervallen staat. Het stadsbestuur van Utrecht was bang dat de Spanjaarden de abdij als verschansing zouden gaan gebruiken. De kloosterleiding werd dringend verzocht om kerk en klooster aan de stad ter afbraak af te staan. De stenen werden gebruikt ter versterking van de Utrechtse stadsmuren. De kloosterlingen vestigden zich binnen de stad Utrecht. In de zomer van 1580 riepen de Staten van Utrecht de protestantse religie tot bevoorrechte religie uit. De katholieke kerkgebouwen kwamen in handen van de protestanten. Op 28 juli namen de protestanten de Dom in. Wel kregen de katholieken nog toestemming om aartsbisschop Schenk van Toutenburg in de Dom te begraven. Eind 1580 namen de Staten het wereldlijk gezag van de abt van Oostbroek over. De Staten beheerden nadien de bezittingen van Oostbroek. Formeel is de abdij nooit opgeheven. Peter van Wyck, die in 1567 tot abt verkozen werd, was de laatste abt. Hij stierf op 18 november 1588.
Het Vrouwenklooster onderging min of meer hetzelfde lot. In 1585, toen Catharina van Oostrum abdis was, werd het Vrouwenklooster in brand gestoken. Slechts een 'saele of steenen camer' met aangebouwde boerderij bleven min of meer gespaard. Ook van het Vrouwenklooster werden de bruikbare materialen gebruikt voor versterking van de Utrechtse stadsmuur. De nonnen gingen wonen in een pand gelegen binnen de stadsmuren van Utrecht. De bezittingen van het Vrouwenklooster kwamen onder het beheer van de Staten van Utrecht.