Een van bekendste hoogleraren was ongetwijfeld de theoloog Gisbertus Voetius. Voetius werd in 1589 in Heusden geboren. Hij studeerde theologie in Leiden, waarna hij in verschillende plaatsen als predikant werkte. In 1634 werd hij gevraagd als hoogleraar aan de illustere school. In 1636 werd hij benoemd tot de eerste rector magnificus van de Universiteit. Onder Voetius' leiding profileerde de faculteit theologie zich als streng orthodox centrum. Voetius verdedigde traditionele standpunten, waarbij hij zijn pijlen vooral richtte op Verlichte denkers als de Franse filosoof René Descartes, die tussen 1628 en 1649 af en toe in Utrecht kwam. Ook buiten de universiteit deed Voetius zijn invloed gelden. Als predikant van de Domkerk en lid van de kerkenraad zette hij zich in voor de handhaving van strenge kerkelijke tucht en ijverde hij voor de benoeming van meer en liefst streng orthodoxe predikanten. Mede door de inzet van Voetius werd Utrecht het middelpunt van een piëtistische stroming die een nationale bekering of Nadere Reformatie ambieerde. Voetius stierf in 1676 en werd begraven in de Catharinakerk.