In 1039 stierf keizer Koenraad II in Utrecht. Zijn ingewanden werden begraven in de Domkerk. Die kerk werd daarmee erg belangrijk. Daarom schonk de zoon van Koenraad, Hendrik III, aan de Utrechtse kerk veel land, zoals de graafschappen Drenthe en Hamaland. Dat bracht veel geld op. Met dat geld betaalde bisschop Bernold van Utrecht de bouw van de Pieterskerk, de Janskerk en de Paulusabdij. Aan de Pieterskerk en de Janskerk waren kapittels van kanunniken verbonden, de Paulusabdij was een Benedictijnerklooster.
De drie kerken werden in 1050 ingewijd. Samen met - in eerste instantie - de Buurkerk, gewijd aan Maria, vormden deze kerken een kruis rond de Domkerk en de Salvatorkerk. Hoewel er geen middeleeuwse bronnen zijn die beschrijven dat dit ook echt de reden van de kerkenbouw was, wordt dit toch meestal zo geïnterpreteerd. Het kerkenkruis wordt uitgelegd als een bescherming van het graf van Koenraad II. In de beleving van de middeleeuwse mens werd Utrecht door het kerkenkruis geheiligd. Aan alle kanten werd het keizerlijk graf beschermd door de relieken van heiligen in de kerken en door de gebeden van de geestelijken die aan deze kerken verbonden waren.
Het kerkenkruis van Utrecht was helemaal af toen in 1081 de Mariakerk aan de Springweg werd gebouwd. De Mariakerk was, net als de Pieterskerk en de Janskerk, een kapittelkerk.
In de elfde eeuw ontstonden in ook in andere bisschopssteden kerkenkruisen. In Bamberg vormen de St. Jakob, de St. Michaël, de St. Stephan en de St. Gangolf een kruis om de Domkerk. Bamberg, in 1007 tot bisdom verheven, kwam in de elfde eeuw tot grote bloei. Paderborn werd na een grote stadsbrand in de elfde eeuw onder leiding van bisschop Meinwerk herbouwd. Ten westen van de Dom werd de Abdinghofabdij en ten oosten de Busdorfkerk gebouwd. Ook in Hildesheim zijn de St. Michaël, de St. Godehard, de Heilig Kreuz en de St. Mauritius in de vorm van een kruis rond de Dom gebouwd. Hildesheim kwam in de elfde eeuw tot bloei onder leiding van de bisschoppen Bernward en Godehard.
