In de tweede helft van de achttiende eeuw groeide de ontevredenheid onder de bevolking in de Republiek. Economisch ging het slecht met het land en ook militair bleken de Nederlanden weinig krachtig. Toen een oorlog met Engeland in 1780 uitbrak en de vloot een smadelijke aftocht moest blazen, ging men op zoek naar een zondebok. Dat werd stadhouder Willem V. Hij zou leger en vloot hebben verwaarloosd en het land hebben verkwanseld aan zijn neef, de Engelse koning. De vele tegenstanders verzamelden zich in de patriottenbeweging, die meer democratie eiste en overal gewapende genootschappen oprichtte. Op die wijze kon de vrije burger zich verdedigen tegen de dreigingen. Ook in het Eemland lieten de patriotten van zich horen. Vaak maakten ze hun denkbeelden wereldkundig door het schrijven van pamfletten. De Amersfoortse dichter Pieter Pijpers was zo'n productief pamflettenschrijver, die de zaak van de revolutie zeer toegedaan was. De patriotten waren zo succesvol, dat ze in Amersfoort de macht dreigden te grijpen. Een revolutie werd voorkomen doordat de stad werd bezet door het stadhouderlijke leger.
Amersfoort was vanaf dat moment een bolwerk van Oranjegezinden. Toen de Staten van Utrecht, het provinciaal bestuur, uit angst voor een patriotse machtsovername niet langer meer in Utrecht durfde te vergaderen, besloten de statenleden in Amersfoort bij elkaar te komen. Ze logeerden in De Doelen. Ook de stadhouder zelf verbleef een tijdlang in Amersfoort. Hij logeerde onder andere bij tabakskoopman Benjamin Cohen.
Patriotse troepen lagen in het westen van de provincie, het stadhouderlijk leger in het oosten. Die soldaten hadden geweren en kanonnen, en het kruit daarvoor lag onder meer opgeslagen in de Lieve Vrouwekapel in Amersfoort. Daar vond in 1787 een grote ontploffing plaats. Het schip van de kerk raakte zwaar beschadigd en moest later worden afgebroken, alleen de toren bleef staan. In datzelfde jaar 1787 trokken patriotten vanuit Utrecht op naar Paleis Soestdijk, dat eigendom was van de stadhouder. De aanval werd verijdeld.
De stadhouder was getrouwd met Wilhelmina van Pruisen. Toen de strijd tussen patriotten en Oranje in een patstelling dreigde te geraken, riep Wilhelmina de hulp in van haar broer, de koning van Pruisen. Na enige aarzeling besloot deze troepen te sturen. Deze soldaten trokken door de provincie om de patriotten te verjagen en richtten onderweg veel schade aan. Dat gebeurde onder andere in Soest, waar diverse huizen werden geplunderd. De patriotten werden verslagen en velen vluchtten het land uit en vestigden zich in Frankrijk.
In 1789 vond in Frankrijk een revolutie plaats. Vele gevluchte patriotten drongen er bij de nieuwe Franse regering op aan om hun democratische idealen ook in de Republiek door te voeren. Er werd zelfs een legertje samengesteld uit de bannelingen. De Fransen voerden een aantal 'bevrijdingsoorlogen' en in januari 1795 trokken ze, samen met de patriotse vluchtelingen, de bevroren rivieren over naar het noorden en werd de stadhouder afgezet. Nederland werd omgedoopt in 'Bataafse Republiek' en overal kwamen de patriotten aan de macht. In Eemnes bijvoorbeeld koos het volk Herman Crommelin tot schout en op vele plaatsen doken de in 1787 verjaagde patriotten weer op. In De Bilt keerden de gevluchte Adriaan en Maurits Eyck weer terug naar hun buitenplaats Eyckenstein. Adriaan was tijdens de patriottentijd burgemeester van Utrecht geweest. Pieter Pijpers had niet hoeven vluchten. Hij werd nu hoofdschout van Amersfoort.
