Nederland is ontstaan vanuit rebellie. Die ontstond uit onvrede met de regering van Filips II, die koning was van Spanje maar tegelijk 'Landsheer' van de gezamenlijke Nederlandse gewesten (provincies). Dat is het gebied van wat nu Nederland, België en Luxemburg is.
Filips II streefde naar alleenheerschappij. Hij was een groot tegenstander van de autonome status van de afzonderlijke Nederlandse provincies en nog minder van hun zeggenschap in de Staten Generaal, een voorloper van het parlement. Vooral ook, omdat die de heffing van belastingen moesten goedkeuren. Als koning wilde hij naar eigen goeddunken belasting kunnen heffen.
Daarnaast wilde Filips II de katholieke kerk handhaven als enige Christelijke kerk. Aanhangers van Maarten Luther (de evangelisch Luthersen), Menno Simonsz (de doopsgezinden) of Johannes Calvijn (de gereformeerden) beschouwde hij als ketters en liet hij vervolgen. Net als onder het bewind van zijn vader Karel V. Deze vervolgingen wekten veel weerstand op, óók bij mensen, die zelf het katholieke geloof trouw bleven.
De onvrede in brede lagen van de samenleving werd nog versterkt door de hoge belastingen en door de hoge voedselprijzen. Een opstand in 1565 en 1566 ging gepaard met ernstige vernielingen in tal van katholieke kerken (de z.g. Beeldenstorm), waarbij veel kerkelijke kunst verloren ging. Deze Beeldenstorm ging overigens aan Waterland voorbij. Na de onderdrukking van deze opstand benoemde Filips II een nieuwe landvoogd, de Spaanse hertog van Alva, die een tiranniek bewind vestigde en tal van tegenstanders ter dood liet veroordelen. Het verzet hergroepeerde zich buiten de landsgrenzen met prins Willem van Oranje als aanvoerder. Geuzen of watergeuzen noemden de verzetsstrijders zich, en zij opereerden vooral op zee. Maar met hun gewapende overvallen op verschillende kustplaatsen (o.a. Monnickendam) en hun felle anti-katholieke opstelling maakten zij zich er niet geliefder op. Hun verovering van de kuststad Den Briel op 1 april 1572 leidde echter het begin in van een nieuwe ronde in de opstand, die uitmondde in een oorlog tussen aanhangers van prins Willem van Oranje aan de ene kant en zij, die steun bleven geven aan de regering van Filips II aan de andere kant. Godsdienstige tegenstellingen tussen katholieken en protestanten liepen hier dwars door heen. In steden als Haarlem of Alkmaar, die zich heldhaftig tegen de Spanjaarden verdedigden was de overgrote meerderheid van de bevolking nog altijd katholiek.
In Waterland sloten de steden Edam, Monnickendam en Purmerend zich bij de opstand aan. Een belangrijke rol speelde de Monnickendamse burgemeester Cornelis Dirksz, die in 1573 als admiraal van de geuzenvloot een Spaans eskader op de Zuiderzee versloeg. Ter land was dwars door zuidelijk Waterland een frontlijn komen te lopen en werd er onder meer gevochten bij Ransdorp en Ilpendam. Wreedheden werden door beide partijen begaan. Broek in Waterland werd door de Spanjaarden gebrandschat. In Monnickendam en Ransdorp werden priesters door geuzen vermoord. Op eerste Pinksterdag 1574 werden Spaanse aanvallen op een schans bij Wormer en op Purmerend afgeslagen, wat de verdedigers een beloning in geld en een extra vrije dag opleverde, die tot op de dag van heden gevierd wordt als Pinkster Drie. In Ilpendam was het de katholieke pastoor, die zijn dorpsgenoten kort daarop aanmoedigde bij het afslachten van de Spaanse troepen, die daar in een schans gelegerd waren. De Spanjaarden werden tenslotte uit Waterland verdreven en na de overgang van Amsterdam naar de kant van de prins Van Oranje in 1578 verplaatste het krijgsgeweld zich naar elders.
Het succes van de opstand in de noordelijke gewesten betekende dat deze een hoge mate van autonomie wisten te behouden. In de nieuw gevormde Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden was geen plaats meer voor een koning. De vrijheid was met succes bevochten. Ook de afzonderlijke steden en dorpen hielden een hoge mate van autonomie.
Maar van de vrijheid van godsdienst, waar het evenzeer om gegaan was, kwam minder terecht. De oorlog had de tegenstelling tussen protestant en katholiek verscherpt en in kerkelijk opzicht was het nu de gereformeerde kerk, die dominant werd. Die gold in de Republiek voortaan als de 'algemene' kerk. In de zuidelijke Nederlanden, waar de Spaanse koning zijn gezag wist te handhaven, was het omgekeerd. De bestaande kerkgebouwen werden overal ingericht voor de protestantse eredienst, ook in Waterland. Andersdenkenden, zoals katholieken, evangelisch Luthersen, doopsgezinden en joden bleven weliswaar vrij in het belijden van hun godsdienst, maar dan toch slechts in de beslotenheid van de eigen kring. Vooral katholieke kerken mochten van buiten niet als kerk herkenbaar zijn en katholieke gelovigen waren aangewezen op schuilkerken (ook wel kerkhuizen genoemd). Die waren zowel in Monnickendam, Edam als Purmerend te vinden, maar ook in de Beemster. De katholieken hadden bovendien ook al hun kloosters, landerijen en overige bezittingen moeten afstaan. Voor hogere bestuursambten kwamen zij als 'tweederangsburgers' meer dan twee eeuwen lang niet in aanmerking.
