Het Van Starkenborghkanaal maakt deel uit van de vaarweg tussen Lemmer en Delfzijl. De route voert in Friesland over het Prinses Margrietkanaal en in Groningen over het Van Starkenborghkanaal en het Eemskanaal.
Naamgever van het kanaal is A.W.L. Tjarda van Starkenborgh Stachouwer, onder meer Commissaris der Koningin in Groningen (1925-1933) en Gouverneur-generaal van Nederlands-Indië (1936-1945). Hij zette zich bijzonder in voor het verbeteren van de drukbevaren vaarweg Groningen-Friesland. Met name delen van het Hoendiep, waaraan twee grote suikerfabrieken stonden, waren van economisch belang. Eerdere pogingen om de toestand te verbeteren, zoals het aanpassen van het Hoendiep en het graven van het Gorechtkanaal en het Oosterhamrikkanaal, gaven te weinig verlichting. Een nieuw kanaal moest hier verandering in brengen. In de jaren 1936-1938 werd in het kader van een werkverschaffingsproject het traject Damsterdiep (Oostersluis) - Noordhorn gegraven. Het volgende traject tot Stroobosch volgt de oude loop van het Hoendiep. Bij Gerkesklooster passeert het kanaal de grens met Friesland.
Het nieuwe kanaal voldeed goed. Vanwege de schaalvergroting in de binnenscheepvaart is het kanaal meerdere malen aangepast, voor het eerst in de jaren zestig. Steeds grotere binnenvaartschepen moesten gebruik kunnen maken van het Van Starkenborghkanaal. De vaarweg werd verder verdiept en verbreed en hogere bruggen moesten zorgen voor een vrije doorvaart. In 1975 werd de sluis in Gaarkeuken vergroot. Op de plaats waar het kanaal uitmondt in het Eemskanaal werd in 1996 de geheel vernieuwde Oostersluis in gebruik genomen. In 2002 was de opening van de nieuwe spoorbrug over het kanaal op de lijn Groningen-Sauwerd (2002). De hele vaarweg werd uitgebaggerd en bruggen werden vervangen of vernieuwd.