Het verdwijnen van natuur en biodiversiteit in Nederland was in 1990 de aanleiding om de Ecologische Hoofd Structuur (EHS) te ontwikkelen. De EHS is een nationaal netwerk van grote en kleine natuurgebieden. Verbindingen tussen de gebieden zorgen ervoor dat planten en dieren zich makkelijker kunnen verspreiden. Voor edelherten zijn bijvoorbeeld ecoducten over snelwegen gebouwd. Voor dassen en andere kleine dieren zijn tunnels onder wegen aangelegd. De grotere natuurgebieden die zo ontstaan zijn gevarieerder en er kunnen meer soorten planten en dieren leven.
Na jaren van in kaart brengen van bestaande natuurgebieden, aangrenzend agrarisch gebied en natuurontwikkelingsgebieden is in 2005 het Meerjarenprogramma Ontsnippering door het parlement goedgekeurd. De EHS zou in 2018 gereed moeten zijn en dan een totale oppervlakte van 728.500 hectare omvatten. Dat is gelijk aan ongeveer 17,5% van de totale oppervlakte van Nederland. Het grootste deel bestaat uit bossen en natuurgebieden, maar er is ook natte natuur als meren, rivieren, polders en delen van de Noordzee en de Waddenzee. Sinds eind 2010 is de aankoop van tussenliggende landbouwgrond voor onbepaalde tijd gestaakt.
In het Zuidelijk Westerkwartier loopt de Ecologische Hoofdstructuur (EHS) van Opende naar het Leekstermeer. Het grootste deel van de EHS is nog in gebruik als landbouwgrond. In het gebied werken provincie Groningen, particulieren, agrarische ondernemers en natuurverenigingen samen aan natuurbeheer. Bij projecten rond nieuwe natuur wordt altijd rekening gehouden met de waterhuishouding in het gebied.
Na de aanleg van het gemaal Electra (1920), de afsluiting van het Lauwersmeer (1969) en een betere afwatering van Drenthe verdroogde het Zuidelijk Westerkwartier in rap tempo. Dat had grote gevolgen voor de flora en fauna. Ook zijn in de loop der tijd veel petgaten drooggemaakt of dichtgegroeid. Tegenwoordig is er ruimschoots aandacht voor de cultuurhistorische waarde van de watergebiedjes en voor hun belang als biotoop. Sinds 1988 zijn in het hele Westerkwartier 116 poelen, petgaten en dobben hersteld, ondermeer in de Tolberter Petten, de Doezumermieden en Bakkerom. Een goede graadmeter voor de herstelde natuurkwaliteit is de aanwezigheid van libellesoort de groene glazenmaker. Deze libelle heeft veel baat bij de combinatie van moeras, schoon water én krabbenscheer, een conditie die weer wordt teruggebracht in het Zuidelijk Westerkwartier. Diverse watertjes kregen een beschermde status, zoals het Bolmeer. In 2002 is de nieuwe waterboezem bij Lettelbert zo ingericht dat het zowel een functie voor waterbeheersing heeft als ook een rol in de natuurontwikkeling.
Werkten vroeger monniken, verveners en boeren met man en macht aan het ontwateren van het gebied, nu probeert men het water weer terug te brengen