Met de bouw van het koor zijn er ook een aantal kleinere ruimtes aan het koor gebouwd, zoals een vergaderruimte voor de kerkmeesters. Boven deze kerkmeesterskamer is nog een kamer gebouwd, waarin men boeken opslaat. We lezen voor het eerst over deze ruimte in 1487 in een rekening met als post ‘het timmeren en bedekken van de librije’. Het woord ‘librije’ komt uit het Latijn en is afkomstig van het Latijnse woord ‘libris’, wat ‘boek’ betekent. Een librije is dus een ‘boekerij’, ofwel een bibliotheek.
Boeken zijn aan het einde van de Middeleeuwen heel kostbaar. De librije heeft dan ook boeken gekregen van bijvoorbeeld vooraanstaande geestelijken, zoals Johannes Tsanctius. Sommige mensen laten de librije boeken na, als erfenis. Het is echter niet zo dat de librije alleen aan boeken komt door schenkingen. Het aantal boeken dat in de librije is opgeslagen, neemt waarschijnlijk snel toe, want ongeveer tachtig jaar later, in 1564, stelt men librijemeesters aan. Deze librijemeesters beheren het bezit van de librije en kopen boeken, vaak ingegeven door wat ze zelf mooi en interessant vinden. Vanaf 1594 is de librije niet slechts een verzameling boeken maar een echte stadslibrije waar mensen boeken uit kunnen lenen. Dat betekent niet dat iedereen zomaar lid kan worden van deze bibliotheek. De stadslibrije is maar voor een select gezelschap van vooraanstaande mensen toegankelijk.
In 1646 vindt de nieuwe librijemeester Hiëronymus van Beverningh dat de librije toe is aan een verbouwing. De vloer, de kozijnen en plafond worden vernieuwd en verfraaid met houtsnijwerk. Ook breidt men het aantal zitplaatsen in de librije uit – in oude bibliotheken zitten boeken soms vast met een ketting om diefstal te voorkomen en kun je ze dus niet mee naar huis nemen – en komt er nieuwe bekleding op de stoelen. Van Beverningh laat ook een bord maken met de namen van de librijemeesters.
In 1893 verhuist de stadslibrije naar de Gasthuiskapel aan de Oosthaven. Het stadsarchief van Gouda is daar ook heen verhuisd en op die manier bewaart men alle belangrijke geschriften bij elkaar. In de Sint-Jan zijn er nog sporen aanwezig van de oude stadslibrije. Links naast de grafkapel van Van Beverningh, schuin onder glas 18, is er bijvoorbeeld nog een stuk zandsteen waarin het woord ‘librye’ is uitgehouwen. Daaronder staat, eveneens in zandsteen, ‘discere ne cesses’, wat Latijn is voor ‘houdt niet op met studeren’.
De ruimte waarin de librije vroeger gevestigd is geweest, heeft allerlei invullingen gekregen. Zo is het gebruikt als catechisatielokaal, als opslagruimte voor de cartons en als kerkarchief. Ook is het kantoor van de Sint-Jan een tijdje gevestigd geweest in de voormalige librije. Het college van de Librijemeesters heeft nog lang bestaan. In 1982 is het opgegaan in de ‘Commissie van Advies voor de archieven’, een functie die lijkt op het beheer van de oude boeken in een stadsbibliotheek.
