Na het vertrek van de Romeinen lijkt ook de IJzertijdnederzetting bij Leusden enige tijd verlaten te zijn geweest. Ergens na het jaar 550 woonden er echter weer mensen: er is een grafveld gevonden dat uit die periode stamt. Het grafveld heeft een bijzondere vorm: de graven zijn gegroepeerd om een open ruimte, waar misschien ooit een heiligdom heeft gestaan. Het veld bevatte 160 skeletten, waarvan de meeste mannen geweest lijken te zijn. Er waren tenminste veel wapens als grafgift meegegeven. Gezien de datering zou het zo kunnen zijn, dat dit een grafveld is van Frankische kolonisten, die hier een nederzetting vestigden. Deze nederzetting zou de voorloper van de Villa Lisiduna kunnen zijn. Die villa blijkt ten tijde van Karel de Grote een belangrijk bestuurscentrum in Eemland. Dat zou goed passen: Karel de Grote was de opvolger van de Frankische koningen en als zodanig de heer van de villa. Een villa fungeerde als een groot boerenbedrijf. Dat bij Leusden het oudste kerkje in de omgeving heeft gestaan, is dan ook heel logisch. Het waren tenslotte de bekeerde Franken die vanuit hun nederzettingen het christendom verbreidden.