In Delft werd, zoals ook in andere versterkte steden, in diverse gebouwen wapentuig en buskruit opgeslagen. In 1602 werd het eerste deel van het Armamentarium speciaal gebouwd voor wapenopslag van de Staten van Holland, maar daarnaast werden hiervoor diverse leegstaande ruimtes gebruikt, zoals de kapel naast het Meisjeshuis. Van Bleyswijck schrijft dat men het geluid van de ontploffing hoorde tot op Texel toe. Met de explosie steeg binnen de stadsmuren een wolk op van stof en giftige dampen, alsof helse poelen hun kelen openden om met hun giftige adem de wereld te verduisteren en te vergiftigen. In die wolk werden allerlei steengruis, hout en menselijke resten weggeslingerd tot buiten de stadsmuren. Van de kruittoren zelf was niets meer terug te vinden. Op de plaats waar hij gestaan had, was een diepe kuil met water ontstaan. De hele noordoost hoek van de stad lag plat; er stond aan de Verwersdijk, de Doelenstraat en de Geerweg geen gebouw meer overeind. De grote bomen bij de schuttersdoelen, naast het kloostercomplex, waren bij de grond weggeslagen. Er was grote schade aan diverse gebouwen in de stad en meer dan tweehonderd huizen waren volledig verwoest.
Van Bleyswijck schatte deze ramp ernstiger in dan de stadsbrand van 1536, want deze donderslag nam in een oogwenk hele straten weg met oude en jonge mensen, zieken en gezonden, rijken en armen. Het aantal slachtoffers is nooit opgehelderd. Sommige personen zijn nooit teruggevonden, terwijl van veel mensen slechts onherkenbare resten gevonden zijn. Een bekend slachtoffer was de schilder Carel Fabritius, die gewond uit de puinhoop van zijn huis werd gehaald en kort daarop overleed.
De ramp maakte een enorme indruk. Verhalen van wonderlijke reddingen deden de ronde. Dominee Pieter de Witte bestempelde in een lange preek de ontploffing als een straf van God. Rijmelaars en dichters wijdden verzen aan het gebeuren. Schilders beeldden de gevolgen uit op doek. Ook kwam er hulp van diverse kanten: de Staten van Holland en West-Friesland stelden 100.000 gulden beschikbaar. In Delft werd een collecte gehouden. Vermogende burgers kochten duizenden dakpannen om die uit te delen aan ‘kleine luiden’. Later bleek dat deze bouwmaterialen voor een hoge prijs op de markt werden verkocht. Het verwoeste stadsdeel werd opnieuw ingericht, waarbij de Paardenmarkt ontstond. Het gebouw van de schuttersdoelen werd verplaatst naar het huidige Doelenplein. Toen er plannen waren om een nieuwe kruitopslag te bouwen, gebeurde dit op een veilige plaats buiten de stadsmuren. Het fraaie kruithuis van Pieter Post ligt ‘op een kanonschot afstand’ van de stad.
