Op een kerkenraadsvergadering in december 1773 zegt de kerkmeester De Moor van Immerzeel, die ook het plan voor een nieuwe koorafsluiting heeft gemaakt, dat men het koor beter zou moeten gebruiken dan tot dan toe gebeurt. Vroeger, voor de Alteratie, was het koor de belangrijkste plaats van de kerk. Na de Alteratie van de Sint-Jan, als het hoogaltaar uit het koor verdwenen is en men er de mis niet meer opdraagt, verliest het koor zijn relevantie. Na die tijd is de ruimte om de preekstoel in het schip het belangrijkst. Het is namelijk de plaats waar de Bijbel open gaat. In de rest van de jaren 70 van de achttiende eeuw werkt het kerkbestuur de ideeën van De Moor van Immerzeel over de verbetering van de functie en de inrichting van het koor verder uit. In 1775 plaatst men er banken en verbouwt men het koor zo dat er lezingen gehouden kunnen worden. Wat nog ontbreekt is een preekstoel, die in 1777 geplaatst wordt. Vandaag staat deze preekstoel tussen de glazen 22 en 23, de glazen van Willem van Oranje en Margaretha van Parma.
Het ontwerpen van de preekstoel gaat niet zonder slag of stoot. De kerkmeesters hebben nogal wat eisen. In de preekstoel moeten zitplaatsen gemaakt worden voor een ouderling en een diaken. Deze twee ambtsdragers zijn regelmatig aanwezig om de dominee te helpen met het geven van catechisatie en ondersteunen hem bijvoorbeeld bij trouwdiensten. Om die reden neemt men een ‘boven- en een onderbank’ op in het ontwerp van de preekstoel, zodat zowel de dominee (op de bovenbank) als de ouderling en diaken (op de onderbank) kunnen zitten. Uiteindelijk kiezen de kerkmeesters voor een ontwerp met aan weerszijden een trap. De preekstoel heeft een plafond dat, zo blijkt uit de notulen, geheel naar wens rust op vier ijzeren spijlen. De kerkmeesters zijn van mening dat het spreekgestoelte, dat alles bij elkaar best wel groot is, beter bij het koor past dan een eenvoudige preekstoel. Op deze manier oogt het katheder namelijk minder klein in het koor en is het ‘aan het gehele choor grooter cieraad’.
Het spreekgestoelte dat uiteindelijk een plaats krijgt in het koor noemt men ook wel ‘academisch katheder’. Dat is niet voor niets: de Latijnse school gebruikt het spreekgestoelte voor promoties. De leerlingen van deze school, voornamelijk jongens, moeten aan het einde van hun tijd op deze school een lezing houden in het Latijn. Hieruit blijkt dat ze klaar zijn om naar een universiteit, ook wel ‘academie’ genoemd, ‘gepromoveerd’ te worden. Met andere woorden: de afstudeerceremonie van de Latijnse school vindt plaats in het koor van de Sint-Jan en daarvoor is een spreekgestoelte nodig.
In 1777 gaat het ontwerp in productie bij de timmerman Jan Bleuland. Er worden ook nog een aantal versieringen op de preekstoel aangebracht en gezorgd voor kussens op de zitplaatsen van de dominee, de ouderling en de diaken. Tijdens de restauratie van 1964 tot 1980 is het academisch katheder uit het koor verwijderd. Omdat het meubel inmiddels zeldzaam is, er zijn nog maar een paar academische katheders in Nederland, krijgt het een nieuwe plek in de kerk, onder glas 22. Vandaag de dag gebruikt men het academisch katheder niet meer om preken op te houden. Wel is sinds 1991 een oude traditie in ere gesteld. De leerlingen van het Coornhert Gymnasium te Gouda krijgen hun diploma in de Sint-Janskerk.
