Met Cornelis en Arnoldus ging het helemaal mis. De eerste werd ervan beschuldigd betrokken te zijn geweest bij een moordcomplot op Prins Maurits en vluchtte naar Duitsland. Op zijn hoofd was door het Hof van Holland een som gezet van 4000 carolusguldens. Arnoldus werd na een verboden kerkdienst in 1624 in Amsterdam opgepakt en opgesloten in slot Loevestein, de gevangenis waar veel remonstranten in die tijd werden opgesloten.
De heftige geloofsstrijd werd niet alleen in geschriften en vanaf de kansel gevoerd. Al snel had deze strijd een politieke dimensie gekregen, omdat de remonstranten voor een verlenging van de wapenstilstand met Spanje waren, terwijl prins Maurits als legeraanvoerder hiertegen was.
De raadspensionaris Johan van Oldenbarnevelt en de rechtsgeleerde Hugo de Groot, aanhangers van het remonstrants gedachtegoed, kwamen te staan tegenover Prins Maurits. Doordat de laatste won, werden de remonstranten daarna vervolgd. Van Oldenbarnevelt werd onthoofd, terwijl Hugo de Groot en Arnoldus Geisteranus in Loevestein terecht kwamen. Hugo de Groot wist verborgen in een boekenkist te ontsnappen. In 1631 wist ook Arnoldus met vrouw en kind te ontsnappen uit deze staatsgevangenis. Cornelis Geisteranus sloeg op de vlucht. Overigens bepaalde het Hof van Holland in 1635 dat Cornelis onschuldig was aan het beramen van een aanslag op prins Maurits.
Maarten Luther
Vervolging om het geloof was in die tijd niet nieuw. Een eeuw eerder gebeurde dat al op grote schaal. Alleen betrof het toen geen conflict tussen protestanten, maar tussen rooms-katholieken en calvinisten, wederdopers en lutheranen, protestanten dus. Veel mensen waren rond 1500 teleurgesteld in de katholieke kerk, die meer bezig was met zelfverrijking dan met het zielenheil van het gewone volk. Als protest tegen misstanden in de kerk timmerde de theoloog Maarten Luther in 1517 95 stellingen op een kerkdeur in het Duitse Wittenberg: het symbolische begin van het protestantisme. Om de nieuwe geloofsstroming de kop in te drukken vervolgde de katholieke kerk de in haar ogen ketterse protestanten tot in alle uithoeken van het land.
In 1523 dook in Gorinchem een katholieke onderzoeker op die namens de rooms-katholieke rechtbank, de inquisitie, de gangen naging van een Dordtse schoenlapper. Deze maker van lutherse vluchtschriften was onder meer in Kedichem en Gorinchem gesignaleerd. Onder zijn aanhang bevond zich ook de Gorinchemse Adriana Glimmers, een ketter in de ogen van de Inquisitie. Of Adriana er zonder kleerscheuren vanaf gekomen is, weten we niet. Feit is wel dat de inquisiteurs de wederdoper Arend Jansz uit Gorinchem om zijn protestantse geloofsovertuiging in 1535 ter dood veroordeelden. Die harde aanpak voorkwam niet dat er heimelijk lutherse erediensten werden gehouden, zoals dat in de woonkamer van Gorcummer Jan van Asperen Folpertsz in 1552 het geval was.
Beeldenstorm
Het verzet tegen de harde hand van de katholieke Spanjaarden won meer en meer terrein. In het hongerjaar 1566 barstte de bom. De protestanten kwamen in opstand en de Beeldenstorm raasde over Holland. In de Alblasserwaard en Vijfheerenlanden bleef het relatief rustig. In Zijderveld, Langerak en Nieuwpoort werden nog heiligenbeelden vernield, maar in Gorinchem beperkte de storm zich na de toezegging een eigen protestantse kerk te mogen bouwen tot een stormwaarschuwing. In 1572 verjoegen de Geuzen de Spanjaarden uit de waard, waarna alle kerken in protestantse handen kwamen. In Gorinchem bleven katholieken samenkomen in schuilkerken.
