Of het met grof geweld gepaard ging of behoedzaam is niet bekend, maar feit is dat aan het einde van de 16de eeuw de altaren en beelden uit de kerk van Ommen verwijderd zijn. In vergelijking met andere delen van het land was dat rijkelijk laat. In 1566 woedde de eerste Beeldenstorm in de Nederlanden. Religieuze protestgroepen hitsten mensen op in een gewelddadige campagne tegen objecten en symbolen van de katholieke Kerk. Deze protestanten hadden zich tegen de verwaterde moraal en holle tradities als beeldenverering van de katholieke Kerk gekeerd, maar werden door het Spaanse gezag hardhandig bestreden.
Kaarsen voor Onze Lieve Vrouwe
In Overijssel had de protestbeweging aanvankelijk niet veel aanhang. Nog in 1587 vond in Ommen een schenking uit de opbrengst van landerijen plaats ten behoeve van het onderhoud van de kerk en het uurwerk, en de kaarsen op het altaar voor Onze Lieve Vrouwe. In deze onzekere tijden lieten de Ommenaren alles liever zoveel mogelijk bij het oude. Pas na de succesvolle campagne van prins Maurits in 1591, die de laatste Spanjaarden uit Salland verdreef, kwam de kerk waarschijnlijk in protestantse handen. De gereformeerden begonnen zich te organiseren, waarbij Ommen onder de classis Zwolle kwam te vallen.
Predikanten in plaats van "mispapen"
De gereformeerde kerk was na de Reformatie de enige officieel toegestane kerk. Andersgelovigen mochten niet publiek aan hun geloof uiting geven en moesten in het geheim bijeenkomen. Vooral de katholieken hadden het zwaar. Zij kregen geregeld boetes opgelegd of te maken met pesterijen van protestantse kant. In 1595 bepaalden de Staten van Overijssel dat alle "mispapen" vervangen moesten worden door predikanten. Dat viel bij gebrek aan protestantse predikers nog niet mee. De gereformeerde kerk probeerde pastoors over te halen de katholieke Kerk vaarwel te zeggen en als predikant aan de slag te gaan. Sommige pastoors stapten niet zozeer uit geloofsovertuiging over, maar vanuit de wens een gezin te stichten. Niet alle predikanten waren de nieuwe kerk even zeer toegewijd.
Een ergerlijke dominee
De eerst vermelde predikant in Ommen, dominee Hendrikus Petri, viel ook binnen die categorie. In zijn vorige standplaats Beilen was hij wegens (niet nader gespecificeerd) "ergerlijk gedrag" 5 jaar geschorst geweest, later in genade aangenomen en na 2 jaar toch weer afgezet. Zijn aanstelling in Ommen in 1603 gebeurde waarschijnlijk op voorspraak van de burgerlijke autoriteiten, zonder inspraak van de kerk. Lang bleef hij niet in Ommen: in het jaar 1606 werd hij opnieuw afgezet. In de buurgemeente Dalfsen wist hij weer een aanstelling te krijgen, maar ook hier waren ze hem of zijn preken na een aantal jaren beu en werd hij oneervol afgezet. In de Hervormde kerk in Ommen hangen een paar borden waarop in fraaie letters alle namen van de voorgangers staan. Die van Petri als eerste, maar zeker niet de beste.
