Dans la première moitié du xvie siècle, les Pays-Bas se composaient de différents territoires avec leurs propres lois et leurs propres règles. Ils partageaient néanmoins quelque chose : le souverain Habsbourgeois, Charles Quint. Le père de Charles, le duc Philippe le Beau, était un descendant de la lignée des Bourguignons qui avaient conquis un grand nombre de duchés et de comtés des Pays-Bas à partir de la fin du xive siècle. Sa mère était l'héritière des royaumes d'Aragon et de Castille. Philippe est décédé quand Charles était encore jeune, il a déjà donc dû régner assez tôt. En 1515, à l'âge de 15 ans, il s'est retrouvé à la tête des Pays-Bas, un an plus tard, il est couronné roi d'Espagne et de ses possessions du Nouveau Monde et en 1519, il est élu empereur du Saint-Empire romain germanique.
C'était la première fois depuis Charlemagne que quelqu'un en Europe régnait de nouveau sur un si grand empire. Les problèmes apparaissent d'eux-mêmes quand on est à la tête d'un empire sur lequel le soleil ne se couche jamais. Charles a dû faire face à des guerres à répétitions contre des souverains allemands récalcitrants, des troupes turques en progression et un roi de France qui suivait l'épanouissement du pouvoir de l'empereur avec méfiance. La guerre a coûté beaucoup d'argent qui devait être apporté par les riches Pays-Bas. Entre-temps, il a essayé de faire des Pays-Bas une unité administrative et il a conquis les dernières régions indépendantes de ce territoire : Groningue et Gueldre.
Tout le monde n'a pas accepté cette politique de centralisation. Les villes se sont insurgées contre les taxes élevées et elles sont restées attachées à leurs privilèges alors que les nobles défendaient leur fonction administrative contre les nouveaux fonctionnaires de Charles. Les nombreux partisans et sympathisants de la Réforme ont renforcé les tensions. Charles s'est attaché à l'unité de l'Église et a attaqué férocement les hétérodoxes : les gens qui critiquaient l'Église catholique romaine étaient responsables des divisions religieuses. Charles a fait promulguer des édits contre l'hérésie, à la grande déception d'un nombre toujours plus grand de dirigeants locaux et des nobles qui prêchaient la tolérance religieuse.
Le 25 octobre 1555, Charles Quint, âgé de 55 ans seulement, a abdiqué dans la salle dorée de son palais bruxellois, épuisé par les soucis administratifs et la goutte. Soutenu par le jeune prince Guillaume d'Orange, il a raconté à l'assistance son amour pour les Pays-Bas, les nombreux efforts qu'il avait consentis durant son règne et les fautes qu'il avait commises. Il a demandé pardon pour cela et a imploré l'assistance de rester aussi fidèle à son successeur, son fils Philippe II, qu'elle l'avait été à lui-même. Charles Quint a passé ses dernières années dans un monastère espagnol. Il y est mort en 1558.
