Sinds 1575
Uit dank voor het heldhaftige verzet tijdens het Spaanse beleg in de Tachtigjarige Oorlog, schonk Willem van Oranje de stad Leiden na haar bevrijding in 1574 een universiteit. De stichting ervan vond plaats op 8 februari 1575 en haar motto werd Praesidium Libertatis: 'bolwerk van de vrijheid'. Het was de eerste universiteit van het land en moest een protestantse tegenhanger van de katholieke universiteit van Leuven worden. De nieuwe, prestigieuze instelling werd van aanvang af gehuisvest in geconfisqueerde katholieke gebouwen in de stad. Tegenwoordig telt de Universiteit Leiden zeven faculteiten en staan er circa 19.000 studenten ingeschreven.
Academiegebouw
In 1581 werd een voormalig klooster aan het Rapenburg betrokken, dat nog steeds als academiegebouw dienst doet. Hierin bevinden zich het Groot- en Klein Auditorium, de senaatskamer en het beroemde Zweetkamertje. In dat laatste wachten kandidaten de uitslag van hun eindexamen af. Traditiegetrouw zetten pas afgestudeerden en promovendi hun handtekening met potlood op de muur. Daar staan ook de handtekeningen van Winston Churchill en Nelson Mandela tussen, die in Leiden eredoctoraten toegekend kregen.
Collecties
In de loop van de tijd zijn in en rond de universiteit tal van indrukwekkende collecties verzameld. Sommige, zoals het Prentenkabinet en de Hortus Botanicus, maken deel uit van de universiteit, andere zijn inmiddels onderdeel geworden van in Leiden gevestigde grote rijksmusea, zoals Naturalis, het Rijksmuseum van Oudheden, Museum Volkenkunde en Museum Boerhaave. Zo heeft de universiteit er sterk aan bijgedragen dat Leiden de 'museumstad' van Nederland werd.
Beroemde wetenschappers
De universiteit leverde internationaal beroemde wetenschappers, zoals de staatsrechtgeleerde Hugo de Groot (1583-1645) en de medicus Herman Boerhaave (1668-1738). Beroemd, maar tegenwoordig wat vergeten, was ook de humanist Josephus Justus Scaliger (1540-1609), een in de 16e eeuw internationaal erkende autoriteit op het gebied van de oosterse talen. Door zijn talenkennis was hij in staat om moeilijk toegankelijke bronnen te lezen; dat leverde veel informatie over andere culturen op.
Nobelprijzen waren er voor Hendrik Lorentz (natuurkunde, 1902) en Heike Kamerlingh Onnes (natuurkunde, 1913). Ook de Rotterdammer J.H. van 't Hoff, de eerste ontvanger van de Nobelprijs voor de Scheikunde in 1901, had zijn kandidaatsexamen in Leiden gehaald. Zijn standbeeld staat aan de Rotterdamse 's-Gravendijkwal, op het plein voor de voormalige HBS waarvan hij één van de eerste leerlingen was.