Bij de toegang van het koor staat een groot hek, ook wel het ‘koorhek’ genoemd. Vandaag de dag staat het meestal open, maar dat is niet altijd zo geweest. Voor de Reformatie vormt het koorhek de scheiding tussen het priesterkoor en het schip van de kerk. Het priesterkoor is niet toegankelijk voor gewone mensen. Na 1573, als de Sint-Jan een protestantse kerk wordt, verandert dit. Men gebruikt het koor niet langer meer voor de bediening van de Heilige Mis en iedereen mag er naar binnen.
Het koorhek dat nu als afsluiting van het koor dient, is pas sinds 1782 voltooid. Daarvoor heeft er een houten koorhek gestaan. Het kerkbestuur heeft, voordat dit hek is afgebroken, de timmerman-aannemer Jan Bleuland de opdracht gegeven het hek na te tekenen. Het koorhek heeft twee keer een grote verandering ondergaan.
Voor de reformatie heeft op het koorhek een groot kruisbeeld gestaan, zo vermeldt de Goudse geschiedschrijver Walvis. Aan de voet van dit kruisbeeld was een pelikaan uitgesneden. Na de reformatie wordt dit kruisbeeld met de pelikaan weggehaald en in 1581 opgevuld met een tekstbord.
Aan het begin van de zeventiende eeuw krijgt de kerk nieuw meubilair. Het kerkbestuur oordeelt dat het eenvoudige houten koorhek, ontdaan van de versiering van voor de Alteratie, daar niet zo goed bij past en geeft daarom de stadsbeeldhouwer de opdracht een nieuwe, imposante bekroning te ontwerpen met vier tekstborden en daaromheen een zogenaamd ‘rolwerkpatroon’. De bekroning is bijna even hoog als het originele koorhek. Het kerkbestuur is heel enthousiast en keurt het ontwerp dan ook gelijk goed. In 1623 is het nieuwe koorhek voltooid. Twee borden vertellen in het Nederlands en het Latijn over de kerkbrand in 1552. De teksten op de andere twee borden hebben betrekking op het Heilig Avondmaal.
Aan het einde van de achttiende eeuw is dit eens zo glorieuze koorhek in vervallen staat. Het kerkbestuur ziet het wel, maar pas in 1773 neemt kerkmeester Bartholomeus de Moor van Immerzeel het initiatief tot het ontwerp van een nieuw koorhek. Een speciale commissie krijgt de opdracht uit te kijken naar een geschikte en vooral niet al te dure aannemer. Uiteindelijk geeft men de opdracht aan een Amsterdamse stucwerker, Husly, die het robuuste hek ontwerpt dat er tot op de dag van vandaag staat.
De bouw van dit koorhek heeft veel voeten in aarde. Zo blijkt al snel dat de fundering heel slecht is. Ook de productie van de afzonderlijke delen van het hek, zoals de koperen spijlen, verloopt heel traag. Pas in 1780 wordt het nieuwe koorhek geplaatst. Ter bescherming van het marmer plaatst men hekjes voor het koorhek. Als afwerking wil het kerkbestuur drie vazen op het koorhek plaatsen en op de bovenkant van het koorhek, de fries, worden de teksten ‘INCHOATUM MDCCLXXVIII’ (Begonnen 1778) aan de andere kant ‘PERFECTUM MDCCLXXXII’ (Voltooid 1782) aangebracht. In het midden staat de tekst ‘per aspera ad astra’, wat ‘door de doornen naar de sterren’ betekent.
De kosten van het koorhek vallen veel hoger uit dan begroot. Dit zorgt zowel binnen de gemeente als in het kerkbestuur voor onvrede. Het kerkbestuur onderkent de onvrede echter niet uit eerbied voor de kerkmeester De Moor van Immerzeel. Deze kerkmeester die het ontwerp van een nieuw koorhek initieerde, heeft het helaas nooit voltooid gezien. Hij overleed onverwacht in 1779.
