Midden jaren '50 ging de regering ervan uit dat binnen twintig jaar de helft van alle elektriciteit in Nederland door kerncentrales zou worden opgewekt. Voor het onderzoek naar de 'vreedzame toepassing van atoomenergie' richtte zij in 1955 de Stichting Reactor Centrum Nederland op. De locatie van het RCN, dat in 1957 werd gevestigd op een terrein van Staatsbosbeheer in de duinen ten noorden van Petten, was niet toevallig gekozen: ver van de grote bevolkingscentra, met het Noord-Hollands Kanaal nabij voor de voorziening van koelwater en de Noordzee voor de lozing van reactorwater. Want bij de plannen hoorde de bouw van een eigen kernreactor. Het RCN was bedoeld als ontwikkelings- en opleidingsinstituut, met een belangrijke adviserende rol voor de politiek en het bedrijfsleven. Behalve ministeries en energiebedrijven deden ook concerns als Philips en Staatsmijnen mee.
In 1960-61 werd bij het centrum een kleine lage flux reactor in gebruik gesteld. Deze kleine onderzoeksreactor viel onder het beheer van het Europese atoombureau Euratom en werd naar verluidt in de eerste plaats aangekocht om het moreel van het RCN-personeel op te vijzelen, vanwege de jarenlange aanloopproblemen met de bouw van de geplande hoge flux reactor. De HFR kwam er in 1962. Hij werkte op hoog verrijkt uranium en diende aanvankelijk voor onderzoek naar materialen voor kerncentrales als de snelle kweekreactor in Kalkar.
Halverwege de jaren '70 bleek dat de bouw van Nederlandse kernenergiecentrales niet van de grond kwam, mede door de actieve anti-kernwapenbeweging en de ontdekking van steeds grotere aardgasreserves. In 1976 werd de doelstelling van het RCN verbreed en de naam gewijzigd in ECN, Energieonderzoek Centrum Nederland. Ook niet-nucleaire vormen van energieopwekking behoorden in het vervolg tot het onderzoeksterrein. Het ECN in Petten beweegt zich sinds een aantal jaren op allerlei gebieden van energie-innovatie. Zo wordt er behalve naar kernfusie onderzoek gedaan naar duurzame energiebronnen als zonne- en windenergie, waterstof en biobrandstoffen. In de Wieringermeer heeft de ECN recent een groot experimenteel windturbinepark geopend. Elders aan de Noord-Hollandse kust moeten meer parken volgen.
De exploitatie van de hoge flux reactor is sinds 1999 ondergebracht bij een commerciële dochteronderneming van het ECN, de NRG (Nuclear Research & Consultancy Group). De reactor, inmiddels omgeschakeld van hoog verrijkt uranium als brandstof naar laag verrijkt uranium, is tegenwoordig wereldwijd een van belangrijkste producenten van radioactieve isotopen, gebruikt bij medische diagnostiek en de behandeling van kankerpatiënten.
Het ECN en de NRG zorgen samen met hun nevenactiviteiten in de Kop voor aardig wat klandizie en werkgelegenheid. Het voortbestaan van de reactor is echter niet onomstreden. De kwestie van de opslag en afvoer van radioactief afval heeft in het verleden een aantal malen tot protesten en demonstraties geleid van actievoerders en organisaties als Greenpeace. Daarnaast hebben zich in de loop der jaren in de reactor verschillende ongelukken en bijna-ongelukken voorgedaan, onder meer met het koelwatersysteem. Het eind van de levensduur van de reactor is intussen in zicht. Uiterlijk in 2016 moet hij vervangen zijn, of worden gesloten.
