Schansen rond de Leidsche Dam
De tweede helft van de zestiende eeuw begon slecht voor de inwoners van Voorburg. In 1557 overleden door een pestepidemie vijfhonderd mensen binnen drie maanden. Dat was tweederde van alle Voorburgers! Net toen de mensen weer een beetje opgekrabbeld waren mislukte de oogst, waardoor een ernstige hongersnood uitbrak. Tussendoor kregen de inwoners ook nog regelmatig te maken met muizenplagen. Ook Veur en Stompwijk werden hierdoor getroffen. Toen in 1568 de Tachtigjarige Oorlog uitbrak, werd het helemaal afzien.
Beleg op Leiden
Tijdens de Tachtigjarige Oorlog voerden de Spanjaarden soms een beleg uit. Grote groepen soldaten omsingelden een stad, zodat er niemand meer in of uit kon. Ze hoopten dat de mensen zich zouden overgeven als voedsel en water opraakten. Dit probeerden ze ook uit op Leiden. In 1574 bouwden Spaanse soldaten in de buurt van de stad verschillende schansen en forten. Ook rond de Leidsche dam kwamen schansen te liggen, onder andere ter hoogte van het huidige kruispunt Nieuwstraat-Vlietweg-Delftse Kade.
De kapel op het Sint Agathabergje werd in brand gestoken om te voorkomen dat deze door de Hollandse soldaten als uitkijkpunt werd gebruikt. Daarnaast sloten de Spanjaarden de landwegen af, zodat buitenstaanders de bevolking in Leiden niet konden helpen met voedsel of water. Ten slotte bezetten ze de Leidsche dam, zodat ook het vaarverkeer tussen Delft en Leiden stil kwam te liggen.
Plunderen
Tijdens het beleg lagen de Spaanse soldaten zich maandenlang te vervelen in hun schansen. Als verzetje mochten de troepen van hun voorman naar Den Haag om de boel te plunderen. Al snel bereikte het plan de Nederlandse oren. Vliegensvlug trommelde Nicolaes Ruychaver, een watergeus, wat mannen op. Gezamenlijk stortten ze zich bij de Geestbrug op de plunderaars. De Spanjaarden wonnen, maar de Hagenaars konden door het oponthoud op tijd hun waardevolle spullen verstoppen.
Huisvuil
Eind februari 1574 onderbraken de Spanjaarden het beleg weer, om elders te vechten. Bijna drie maanden hadden de inwoners rond de Leidsche dam de tijd om de schansen kapot te maken. Maar ze deden niets. De Spaanse soldaten konden bij hun terugkeer gewoon hun oude plek weer innemen. Daarna dwongen ze de inwoners van Voorburg, Stompwijk en Veur in Den Haag huisvuil te verzamelen om de wallen nog verder te versterken en te verhogen.
Onder water
In 1574 stak Willem van Oranje de dijken van de Hollandse IJssel en Maas door. De omgeving van Leidschendam-Voorburg verdween bijna geheel onder water. Zoveel nattigheid was te veel voor de Spanjaarden. De watergeuzen konden de vijand makkelijk aanvallen vanaf hun platte schuiten. Op drie oktober 1574 was Leiden bevrijd. Tweehonderd vluchtende Spanjaarden werden op bloedige wijze bij de Geestbrug vermoord.
Land opbouwen
Binnen een jaar na het vertrek van de Spanjaarden waren de dijken weer gerepareerd. Het herstel van de gesneuvelde molens duurde langer. In 1577 stonden verschillende stukken land rond het huidige Leidschendam-Voorburg daardoor nog steeds onder water. Pas rond 1580 konden alle akkers weer worden bewerkt.