Er bestaan twee theorieën over de oudste geschiedenis van IJsselstein.
In 1860 leidde Jan de Geer van Oudegein uit oude documenten af dat IJsselstein in het laatste kwart van de dertiende eeuw ontstaan is bij het kasteel IJsselstein. Het boerengehucht Eiteren dat al in de vroege Middeleeuwen bestond, besloeg destijds het noordelijke gedeelte van de tegenwoordige gemeente IJsselstein. Toen IJsselstein - dat wil zeggen: de tegenwoordige binnenstad - in het laatste kwart van de dertiende eeuw tot ontwikkeling kwam, zou de woonkern Eiteren vervallen zijn tot het gehucht dat in de jaren '80 van de twintigste eeuw in de stadsuitbreiding van IJsselstein werd opgenomen. Archeologisch onderzoek in de buurtschap Eiteren heeft deze theorie niet kunnen bevestigen, maar heeft wel bewezen dat er zowel in de Romeinse tijd als in de Frankische periode bewoners zijn geweest.
Piet Broeders is echter van mening dat de woonkern Eiteren niet gezocht moet worden in (de omgeving van) het tegenwoordige gehucht Eiteren maar onder de IJsselsteinse binnenstad. Deze woonkern groeide in het laatste kwart van de dertiende eeuw uit tot een stedelijke - zij het agrarische - samenleving. De naam Eiteren, oorspronkelijk de naam voor de woonkern met het grotere landelijke gebied, bleef behouden in het gehucht Eiteren waar waarschijnlijk in de veertiende eeuw een kleine woonkern voor melaatsen ontstond. Volgens deze theorie wordt de IJsselsteinse binnenstad geen 700, maar al 1500 jaar of nog langer bewoond.
In het zuidelijke gedeelte van IJsselstein heeft archeologisch onderzoek plaatsgevonden. Daarbij is men langs de N210 en op de plaats van de in 2011 aangelegde gemeentewerf gestuit op nederzettingen die respectievelijk teruggaan tot de IJzertijd en de Romeinse tijd.
