De overheid trad zeer streng op tegen de aanhangers van de wederdopers, die vooral uit boeren en lagere burgerij bestonden. Niet alleen zag zij hun godsdienstige ideeën als ketterij, maar ook vreesde zij de maatschappelijke ontwrichting die uit hun overtuiging zou kunnen voortvloeien. Terecht, want in 1535 kwam het in Amsterdam tot een ernstig oproer met dodelijke slachtoffers. Na zijn verbanning keerde David Jorisz. regelmatig terug naar Delft, maar in 1539 ontvluchtte hij de stad. Na veel omzwervingen stierf hij in 1556 in Bazel. Inmiddels waren de meeste van zijn volgelingen in Delft gearresteerd, veroordeeld en ter dood gebracht.
David Jorisz. was een van de velen die openlijk kritiek leverden op de rooms-katholieke leer, wat uitmondde in een breuk met die kerk. Ook de hervormingsideeën van Luther en Calvijn vonden een goede voedingsbodem in de groeiende afkeer van de mistoestanden in de kerk, waar een toenemende aandacht voor het uiterlijk vertoon de innerlijke devotie in de weg stond. Delft werd in de zestiende eeuw dan ook gezien als een zeer ketterse stad. Al in 1524 stelde het Hof van Holland een onderzoek in naar de Lutherse sympathieën van een aantal kerkelijke voorgangers.
De Utrechtse dominicaan Wouter, die scherpe kritiek leverde op het kunnen afkopen van zonden in de rooms-katholieke kerk, vluchtte in 1520 naar Delft en verkeerde hier in een kring van academisch gevormde humanisten, die met interesse kennis namen van zijn ideeën. Voor een aantal aanhangers van de nieuwe leer werd de stad een toevluchtsoord. In de jaren zestig van de zestiende eeuw werd de aanhang van de hervormers steeds groter. De beeldenstorm trof in 1566 ook de Delftse kerken en de kloosters. Het stadsbestuur trachtte door strenge maatregelen het tij te keren. Een aantal Delftenaren werd vervolgd wegens hun aandeel in de ongeregeldheden. Sommigen vluchtten, anderen werden terechtgesteld.
De grote belangstelling voor de hervormde ideeën werd in Delft gevoed door het grote aantal drukkers. Verschillende van hen drukten ketterse literatuur, die over heel het land werd verspreid. In 1568 werd de Delftse drukker Harmen Schinckel gearresteerd wegens het drukken en verkopen van verboden boeken. Na een uitgebreid proces werd hij op de Markt met het zwaard ter dood gebracht. Het stadsbestuur wilde daarmee een duidelijk voorbeeld stellen.
De strenge maatregelen van de overheid konden het hervormingsproces niet stoppen. De sympathie voor de nieuwe leer drong door tot in alle lagen van de bevolking. Kort na de keuze van Delft in 1572 voor de opstand tegen Spanje, nam de gereformeerde kerk de plaats in van de rooms-katholieke godsdienst, die verboden, maar wel gedoogd werd.
