Links van het midden van het koor van de Sint-Jan is een doorgang die leidt naar een smalle gang, waar onder andere de gebedsmuur te vinden is. Deze gang leidt naar de Van de Vormkapel die in 1934 aan de Sint-Jan is gebouwd. De kapel is gefinancierd door Willem van de Vorm, die de kapel heeft laten bouwen ter nagedachtenis aan zijn moeder. In de kapel zijn bijzondere glazen te zien, afkomstig uit het klooster van de regulieren.
Het Regulierenklooster is in 1419 in het land van Stein, bij Haastrecht, gesticht. In dit klooster, dat de naam ‘Emmaüs’ krijgt, heeft onder andere Erasmus een deel van zijn opleiding genoten. Op 16 juli 1549 is het klooster voor een groot deel door een brand verwoest en voor een groot deel onherstelbaar beschadigd. Het zou heel veel geld kosten om de schade weer te herstellen. Daarbij wordt het platteland voor de kloosterlingen steeds gevaarlijker, doordat kwaadwillenden kloosters plunderen. Daarom besluiten de monniken een onderkomen te zoeken binnen de veilige stadsmuren. In 1551 vestigen de regulieren zich in een leegstaand klooster in Gouda.
De glazen van de kapel van het klooster in Stein zijn echter nog grotendeels intact. In 1580 wordt de kloosterkerk afgebroken en verhuizen de glazen naar Gouda. Men voegt ze samen en de glazenier Wouter Crabeth plaatst ze opnieuw in de Sint-Jan, op de plaats van de glazen 20 en 21 waar vandaag de dag schervenramen te zien zijn. De regulierenglazen, zeven in totaal, verbeelden de passiecyclus – het verhaal van het lijden van Jezus – en Hemelvaart en Pinksteren. De glas-in-loodramen zijn ontworpen door Dirck Crabeth. Het is bijzonder dat deze glazen na de Alteratie nog in de Sint-Jan geplaatst zijn. In principe past het afbeelden van de passiecyclus, een katholiek thema, niet in de protestantse traditie. Toch kiest het kerkbestuur ervoor om de glazen in de kerk een nieuwe plek te geven. De reden daarvoor weten we niet precies. Wellicht was het goedkoper om voor bestaande glazen te kiezen in plaats van nieuwe te laten maken. Bovendien sluiten de glazen iconografisch mooi aan bij de glazen in het koor.
Vele eeuwen zijn de glazen in het koor te zien. Aan het begin van de twintigste eeuw worden de glazen grootschalig gerestaureerd en komen de regulierenglazen weer onder de aandacht. J.L. Schouten, die de leiding heeft over de glasrestauratie, pleit ervoor om de glazen in hun oorspronkelijke staat te herstellen. In 1927 worden ze uit de sponningen gehaald. Schouten heeft ondertussen contact gekregen met Willem van der Vorm, die de restauratie van de glazen wel wil betalen als men ze tentoonstelt in een gebouw dat bij de glazen past.
In eerste instantie is dat in een noodkapel die onder glas veertien wordt gebouwd. In 1934 opent men de Van der Vormkapel. Om de kapel aan de kerk te verbinden moet er een bruggetje gebouwd worden over een gracht die de Van de Vormkapel van de kerk scheidt.
Vandaag de dag is de Van de Vormkapel zowel een plaats van stilte en bezinning, als een plek van veel levendigheid. Door de weeks kunnen toeristen er in alle rust de regulierenglazen bewonderen, maar op zondag gebruikt men de kapel als catechisatielokaal en kindercrèche. Zoals veel andere kapellen in de Sint-Jan kent ook deze plaats meerdere bestemmingen.