Sedert de bekeringe tot het Christen gelove wierdt van de bewoonders van Zwolle in het Carspel een kerk gestigt, welke, so het schijnt, van hout gemaakt was. Ten minsten is dit seker dat men omtrent die tyden gewoon was niet alleen gemene woningen, maar ook kerken en kloosters van dese stoffe te timmeren. [Hattum, B.J. van, Geschiedenissen der stad Zwolle (Zwolle 1767)].
Zo moet het gegaan zijn, de bouw van een houten kerk in Zwolle, waarschijnlijk in de eerste helft van de 10de eeuw. De bescheiden kerk was een voorganger van de latere Grote of Sint Michaëlskerk aan de Grote Markt. Die eerste houten kerk moet een van de oudste kerken uit de IJssel- en Vechtdelta zijn geweest, al is de Lebuinuskerk in Deventer (768) ouder.
De verbreiding van het christendom in de Noordelijke Nederlanden begon rond 690 toen Willibrord, een uit Engeland afkomstige benedictijn, naar Friesland trok om dit gebied te bekeren. Hoe de kerstening van Salland verliep is niet bekend. Behalve in Deventer woonden langs de benedenloop van de IJssel vermoedelijk te weinig mensen om daar het christelijk geloof te verkondigen. De invallen en rooftochten van de Noormannen in de 9de eeuw zorgden er bovendien voor dat de (kerk)bestuurders lange tijd wel iets anders aan hun hoofd hadden. De weinige bewoners van Zwolle en omstreken bleven daardoor waarschijnlijk vasthouden aan de natuurgodsdienst van de Germanen.
De draad werd weer opgepakt aan het begin van de 10de eeuw.
Radboud, de nieuwe bisschop van Utrecht, vestigde zich in Deventer
en zette zich persoonlijk in voor de verdere verbreiding van het
geloof in het oosten van zijn bisdom. In die tijd zal hij zich
zeker om Zwolle hebben bekommerd omdat daar inmiddels een
aanzienlijk aantal mensen woonde. Van zijn inspanningen is de bouw
van de eerste kerk in Zwolle aan het begin van de Sassenstraat een
logisch gevolg.
De eerste Zwolse kerk was gewijd aan de aartsengel Michaël, de
drakendoder en zielenweger van God. Michaël werd daardoor de
schutspatroon en de beschermengel van de kerk en van de stad. Het
beeld van de engel is te zien op het dak van het huidige
voorportaal.
Omstreeks 1200 werd de houten kerk vervangen door een stenen
Romaanse kerk. De Michaëlskerk kreeg zijn huidige vorm tussen 1370
en 1466. Zo lang duurde de bouw. Hoezeer het christelijke geloof
zich inmiddels een vaste plaats in Zwolle had verworven, blijkt wel
uit het feit dat in bijna dezelfde periode begonnen werd met de
bouw van de Onze Lieve Vrouwekerk aan de Ossenmarkt.
Na de kerstening van de Zwollenaren, die zich ongeveer tussen
900 en 1040 moet hebben afgespeeld, moest het christendom verder
worden verbreid en onderhouden. Daarvoor waren in de Middeleeuwen
de kloosters van groot belang. In het Oversticht, deel uitmakend
van het bisdom Utrecht, waren lange tijd maar weinig kloosters.
Zwolle moest wachten op zijn eerste klooster tot 1309, een kleine
80 jaar na het verkrijgen van de stadsrechten. Toen werd het
mannenklooster Bethlehem gesticht, in de volksmond Belhem genoemd.
Het klooster lag in de zogenoemde hof van Vollenhove, het gebied
tussen de huidige Wolweverstraat, Samuel Hirschstraat en
Sassenstraat tot aan het Bethlehemse Kerkplein.
De tegenwoordige Bethlehemskerk en het Refter maakten deel uit van
het kloostercomplex. Toen in 1324 een stadsbrand een groot deel van
de houten Zwolse huizen verwoestte, ging ook het grootste deel van
het klooster in vlammen op. De kloostergebouwen werden opnieuw
opgebouwd en bovendien vergroot. De huidige Bethlehemskerk dateert
uit het midden van de veertiende eeuw, toen de oorspronkelijke
kapel werd vergroot tot een tweebeukige hallenkerk.
In de 14de eeuw ontstond in de tegenwoordige Praubstraat het
Olde Convent, het oudste Zwolse vrouwenhuis. De vrouwen die er
woonden waren begijnen, geen kloosterlingen, al kregen ze wel
enkele voorrechten van kloosterlingen, zoals het bezit van een
draagbaar altaar. Voor de gelovige Zwollenaren waren de begijnen
van enig belang: ze konden hen vragen voor iemand te
bidden.
Aan het eind van de 14de eeuw kreeg het kloosterleven in Zwolle een
nieuwe impuls door toedoen van de navolgers van Geert Grote
(1340-1384), de man van de Moderne Devotie. Kort na elkaar werden
twee mannenkloosters gesticht: het klooster in Windesheim (1387) en
het Agnietenbergklooster (1395). De beweging van de Moderne Devotie
inspireerde ook ongetrouwde Zwolse vrouwen. Tussen 1387 en 1409
werden in de stadsvrijheid van Zwolle maar liefst vijf nieuwe
vrouwenhuizen opgericht: het St. Caeciliaconvent of Kinderhuis (in
de Broerenstraat), het Geertruidenconvent of Kadenetershuis (in de
Schoutenstraat), het St. Agnesconvent of Maetklooster (buiten de
stadsmuren tussen de Lutteke- en de Sassenpoort), het Buschklooster
(buiten de Sassenpoort), en het St. Agatha- of Wytenhuis (buiten de
voormalige Voorsterpoort).
In de Middeleeuwen waren de Zwollenaren katholiek uit overtuiging of gewoonte en ook omdat ze dan bij armoede en ziekte via kloosters makkelijker hulp konden krijgen. Voor gebed of voor het bijwonen van een kerkdienst konden ze terecht in één van de vele Zwolse kerken. Onkerkelijkheid was nog een onbekend begrip.