Eind 20ste eeuw wenste de regering de gemeenten een betere positie te geven ten opzichte van de regio, de provincie en het Rijk. Dat kon alleen door sommige kleinere gemeenten samen te voegen. Daarmee kwam ook de positie van Heino als zelfstandige gemeente op het spel te staan. Uiteindelijk werd besloten dat vanaf 1 januari 2001 Heino, net als Lierderholthuis en Laag Zuthem, onderdeel uitmaakten van de nieuwe gemeente Raalte.
Voor de oorsprong van de gemeentelijke herindeling moeten we terug naar de tijd van het kabinet Lubbers I (1982-1986). Eén van de beleidspunten van dit kabinet was decentralisatie. Met andere woorden: er moesten meer taken vanuit Den Haag op het bordje van de gemeenten worden gelegd. Voor relatief kleine gemeenten als Heino zou dat bestuurlijk gezien een lastige opgave zijn. De enige oplossing was ‒ volgens de politiek ‒ een grootschalige gemeentelijke herindeling.
Voor het zover was, kregen de provincies gelegenheid de gemeenten tot een discussie te verleiden. De provincie Overijssel liet in juli 1995 aan haar gemeenten weten dat ze koos voor een "proces van bestuurlijke vernieuwing, waarin veel ruimte wordt gegeven aan initiatieven van onderop". Gemeenten, waaronder Heino, kregen tot medio 1996 de kans om zelf met voorstellen te komen.
De gemeenteraad van Heino had toen al een motie aangenomen, waarin ze zich richtte op blijvende zelfstandigheid. Als argument gaf Heino aan dat ze een vitale en financieel gezonde gemeente was. Heino verwees ook naar onderzoeken waaruit bleek dat inwoners van kleine gemeenten zich het meest "happy" en betrokken voelen bij de vertrouwde gemeentepolitiek. Een herindeling zou een grotere afstand tussen het bestuur en de burgers teweegbrengen.
De opstelling van de provincie Overijssel was voor de gemeente Heino onder andere aanleiding om een discussiebijeenkomst te organiseren. Op 7 mei 1996 werden de inwoners uitgenodigd naar Zaal Oortwijn te komen om hun mening te ventileren en aan te geven welke variant ze bij een eventuele herindeling voor ogen hadden. Want, was de gedachte, het is niet verstandig om de ogen te sluiten voor de diverse voorstellen die in de loop van de tijd werden gepresenteerd.
Enkele dagen na de discussieavond met de eigen inwoners liet de gemeente aan de provincie weten dat de voorkeur die op het Provinciehuis leek te bestaan voor een samengaan van Heino en Raalte, niet werd gedeeld. "Een subregionale kern als Raalte heeft een beduidend andere functie dan een plattelandsgemeente als Heino. Een gemeente Salland zal altijd ten dele op Zwolle en ten dele op Deventer zijn georiënteerd. Een fusiegemeente wordt een gemeente met twee gezichten, waarbij iedere samenhang zal ontbreken", aldus de gemeente Heino.
De gemeente Raalte hield zich ondertussen lange tijd afzijdig, maar ontkwam uiteindelijk ook niet aan een stellingname. In december 1996 liet Raalte diplomatiek weten geen claim op verdere schaalvergroting te leggen. "Maar, als we moeten fuseren, dan maken we ons sterk voor de variant waarbij Olst en Wijhe samengaan en Heino en Raalte."
Naarmate de tijd vorderde, bleef Heino zich onverminderd inzetten voor zelfstandigheid. Toch werd wel degelijk serieus nagedacht over de andere optie: een al dan niet gedwongen samengaan met Raalte. Deze opstelling viel niet goed bij het in augustus 1998 opgerichte Comité Heino Zelfstandig. Volgens het comité moesten de Heinose politici hun werkelijke mening duidelijker laten horen. Deze groep verontruste Heinoërs luidde de noodklok. Ze probeerde de Heinose bevolking te mobiliseren met allerlei (ludieke) acties en richtten vooral ook het vizier op de leden van de vaste Kamercommissie, die in eerste instantie het oordeel moesten vellen.
Het mocht uiteindelijk allemaal niet baten. Op 27 juni 2000 werd de wet over de gemeentelijke herindeling aangenomen, al was het in de Eerste Kamer kantje boord (36 stemmen voor en 34 tegen). Voor Overijssel betekende dit dat het aantal gemeenten werd teruggebracht van 41 naar 25. De oude gemeenten Heino en Raalte werden opgeheven en dat luidde de start van de nieuwe gemeente Raalte in. Een gemeente, die bestaat uit negen kernen: Raalte, Heino, Heeten, Luttenberg, Broekland, Nieuw Heeten, Mariënheem, Laag Zuthem en Lierderholthuis.
De ambtenaren van de gemeente Heino gingen mee naar de nieuwe gemeente Raalte. Ook vele Heinose gemeenteraadsleden vonden een plek in de nieuwe gemeenteraad. Burgemeester Ton van den Berg ging de boeken in als de laatste burgemeester van de gemeente Heino.
Of de bewoners van Heino beter of slechter zijn geworden van de gemeentelijke herindeling is zo kort na de verandering een open vraag. De bestuurlijke lijnen zijn wellicht wat langer, zodat sommige plannen vertraging oplopen, zoals die voor de woningbouw, het bedrijventerrein en het dorpshuis. Maar, zoals een Tweede Kamerlid in het Sallands Dagblad schreef: "Een gemeentebestuur moet niet te veel de nadruk leggen op het behoud van de eigen identiteit. De wereld is veranderd. Men moet open staan voor de buren en niet krampachtig vasthouden aan gemeentegrenzen."