Deventer was ten tijde van het Twaalfjarig Bestand (1609-1621) een verarmde provinciestad geworden. Om de stad weer wat meer aanzien te geven en er het kwijnende onderwijs een impuls te geven hadden Anna van Twickelo (gestorven in 1601) en haar zoon Balthasar Boedeker (gestorven in 1617) Deventer een legaat nagelaten, bedoeld voor het oprichten van een universiteit. Het geld kwam in 1630 vrij. Een universiteit bleek niet haalbaar; een hogeschool (waaraan men geen academische examens kon afleggen) wel.
De oprichting van het Athenaeum Illustre
Bij de oprichting van deze hogeschool, ook wel illustere of doorluchtige school genoemd, heeft de predikant Jacobus Revius een grote rol gespeeld. Het motto van het Athenaeum Illustre, renovabitur (zij zal vernieuwd worden), sloeg op de wens om de roem van de Latijnse school nieuw leven in te blazen, maar dat bleek wel wat te hoog gegrepen. Aan het Athenaeum, dat werd gehuisvest in het voormalige Lamme van Dieseklooster, kon men theologie, recht en letteren en in sommige perioden ook geneeskunde studeren. De studie aan de hogeschool bestond uit het volgen van openbare colleges. Daarnaast gaven de hoogleraren thuis betaalde privé-colleges. Ook waren er, in plaats van examens, openbare disputen. De gemiddelde studieduur was drie à vier jaar. Officiële plechtigheden, zoals de overdracht van het rectoraat, hadden een feestelijk karakter, compleet met een optocht.
Bloei en verval
In de 17de eeuw was het Athenaeum Illustre zeer succesvol. Vooral het professoraat van de hoogleraar klassieke talen Jacobus Fredericus Gronovius, van 1642 tot 1658, verliep gunstig. Een bekende hoogleraar en rector uit latere tijd was Gisbert Cuper (1668-1681). Na de 17de-eeuwse bloeitijd van het Athenaeum Illustre viel de hogeschool in de 18de eeuw terug tot een bescheiden instelling. In het begin van de 19de eeuw leidde het Athenaeum Illustre een zieltogend bestaan. Vanaf 1815 werd de school nieuw leven ingeblazen, onder meer door het aantal lectoraten uit te breiden en meer praktische vakken te doceren. In 1836 betrok de hogeschool een nieuw gebouw aan de Grote Poot, op de plaats waar daarvoor stadswijnhuis De Steerne stond. Het nieuwe gebouw, in neo-classicistische stijl, was een ontwerp van Bernardus van Zalingen, met een balkonhek boven de ingang en in het gebouw zelf zuilen van de Deventer ijzergieterij Nering Bögel. Maar deze verhuizing had niet het gewenste effect. Het studentenaantal nam almaar af. Uiteindelijk is het Athenaeum Illustre in 1878 opgeheven. Het gebouw kwam toen beschikbaar voor sociëteit De Hereeniging.
De Stads- of Athenaeumbibliotheek
Nauw verbonden met het Athenaeum Illustre was de Deventer Stads- of Athenaeumbibliotheek. De oercollectie van deze bibliotheek bevatte in 1560 de boeken van pastoor Johannes Phoconius in de Weme, de pastorie in de Papenstraat. In 1569 werden de boeken overgebracht naar het Heer Florenshuis, waar ze werden toegevoegd aan de al aanwezige verzameling. De collectie ging vanaf 1597 Stadsbibliotheek heten en groeide uit tot een "herlicke liberie". In 1618 werd Jacobus Revius "opzichter" van de bibliotheek. Hij schafte veel nieuwe boeken aan. Toen in 1630 het Athenaeum Illustre werd opgericht kreeg de Stadsbibliotheek tevens de functie van Athenaeumbibliotheek. In de 18de eeuw werd heel weinig aangeschaft, maar in de 19de eeuw ging het beter door een schenking van koning Lodewijk Napoleon in 1809 en de komst van een grote collectie uit de bibliotheek van de in 1812 opgeheven universiteit van Harderwijk. 2 jaar later werden de boeken van de Stads- of Athenaeumbibliotheek naar de bovenverdieping van het stadhuis overgebracht. In de raadzaal zijn nog altijd vele meters boekenplanken te zien. In 1971 verhuisde de Stads- of Athenaeumbibliotheek naar het Buiskensklooster, prachtig gerestaureerd en uitgebreid door stadsarchitect H.F.A. Rademaker. De uitgebreide en unieke collectie van de bibliotheek, met name op het gebied van de geschiedenis van Overijssel, is van buitengewoon belang voor onderzoekers uit heel de provincie en daarbuiten.