De kerk stond centraal in de middeleeuwse gemeenschap. Het geloof vormde de basis van ieders bestaan. Geboorte, trouwen en dood kregen betekenis in het kerkelijk ritueel van doop, huwelijk en begrafenis. Het geloof gaf troost en hoop en hield de meeste mensen op het rechte pad. De kerkklok bepaalde bovendien het ritme van het dagelijks leven.
Van de aller oudste kerken in Waterland is er geen enkele bewaard gebleven. Ze zullen van hout geweest zijn en archeologische opgravingen bij het naburige Assendelft hebben uitgewezen, hoe we ons zo'n eenvoudig houten kerkje uit de elfde of twaalfde eeuw moeten voorstellen. Deze kerkjes zijn later in de middeleeuwen door stenen kerken vervangen, zoals die van Zuiderwoude. Sommige trouwens op een andere plaats, omdat bij het voortgaan van de ontginningen dorpen soms verplaatst werden. Ook zullen er kerken door overstromingen in de golven zijn verdwenen, zoals die van Warder en Etersheim.
In de middeleeuwen zijn er in Waterland behalve kerken ook een aantal kloosters gesticht. Dat waren gemeenschappen, die geheel in het teken van de geloofsbeleving stonden, maar zich ook maatschappelijk verdienstelijk maakten. Het eerste Waterlandse klooster stond op Marken en dateerde van 1235. Het was een uithof (je zou kunnen zeggen: dependance of filiaal) van het klooster Mariëngaarde bij Hallum in Friesland. Korte tijd later kwam daar nog een 'huus' in Monnickendam bij. In Friesland en Groningen stonden in die tijd tal van kloosters. En net zoals daar zullen ook de monniken op Marken en bij Monnickendam actief betrokken zijn geweest bij de ontginningen en de aanleg van de eerste dijken. Waaronder waarschijnlijk de dam, waaraan Monnickendam zijn naam ontleent. Maar al met al was hun rol in Waterland in dit opzicht toch minder groot dan die van hun broeders in het noorden van ons land.
Toen de nederzettingen Monnickendam, Edam en Purmerend zich tot steden ontwikkelden werden de kerken daar gaandeweg steeds verder vergroot. Want met de groei van deze steden nam ook het aantal gelovigen hier sterk toe. Deze stadskerken dienden daarnaast ook vaak als ontmoetingspunt voor de stedelingen en het was er dan ook een komen en gaan van mensen, die behalve voor hun religieuze plichten ook voor meer praktische zaken in de kerk moesten wezen. Dat kon gaan om een advies van de pastoor of een kapelaan, om een beroep op kerkelijke ondersteuning bij armoede of ziekte of heel zakelijk om een ontmoeting met een koopman uit een andere stad. Voor de stedelingen waren de kerken bovendien uitingen van hun stedelijke trots. Hun kerken konden hen niet groot en mooi genoeg zijn met hun kerken staken de stedelingen de naburige steden graag de loef af.
Behalve grote stadskerken ontstonden in de steden ook verschillende kloosters, niet alleen van monniken, maar ook van nonnen. Maar anders dan in de eerste Waterlandse kloostergemeenschappen legden de monniken of nonnen van deze stadskloosters zich veel meer toe op sociale taken, zoals ziekenverpleging, opvang van wezen of onderwijs. Zo kreeg Monnickendam in 1403 zijn vrouwenklooster Mariëngaarde (gelegen naast de Grote of St. Nicolaaskerk). En buiten de stad het in Overleek gelegen mannenklooster Galilea Minor, dat in 1431 gesticht werd. Monniken van dit klooster legden zich onder meer toe op schrijfwerk, waarbij boeken werden overgeschreven. Dat was in die tijd de enige manier om een tekst te vermenigvuldigen, want de boekdrukkunst moest nog worden uitgevonden. Purmerend kreeg in 1392 een zogenoemde lekengemeenschap. Later in het begin van de 15e eeuw werd deze gemeenschap een vrouwenklooster, genaamd St. Ursula aan de Koestraat. En in Edam was er vanaf 1427 het St. Maria Magdalenaklooster naast de Grote Kerk.
Veel monniken en nonnen van deze latere Waterlandse kloostergemeenschappen voelden zich verbonden met de beweging, die bekend staat als de 'moderne devotie'. Daarbij werd persoonlijke vroomheid verbonden met praktische naastenliefde. Deze beweging van 'broeders en zusters des gemenen levens' was ontstaan in de IJsselsteden Deventer en Zwolle. Grondlegger er van was Geert Grote, maar de meest beroemd geworden vertegenwoordiger van de moderne devotie was Thomas à Kempis, schrijver van het boek De Navolging van Christus. Ook veel burgers voelden zich aangesproken door de ideeën van de moderne devotie, met haar nadruk op de persoonlijke verantwoordelijkheid tegenover God.