Na de Duitse inval hernam het leven grotendeels zijn gewone loop. Alleen communisten en Joden maakten zich ernstig zorgen over de toekomst, gegeven de vervolging waaraan die groepen in Duitsland al in de jaren dertig blootstonden. Een kleine minderheid van de bevolking verspreidde al in 1940 vlugschriften of hielp ontvluchte Franse krijgsgevangenen uit de Duitse concentratiekampen over de grens (de communistische Rode Hulp). In 1941 vonden de eerste verzetsdaden plaats: het doorsnijden van voor de Duitse Wehrmacht "kriegswichtige" telefoonkabels. Vele mannen werden verplicht deel te nemen aan een gemeentelijke kabelwacht; de gemeente zelf kreeg een boete. Toen in september 1941 opnieuw kabels werden doorgesneden, werden 71 mannelijke inwoners, onder wie 68 Joden, gearresteerd en overgebracht naar het concentratiekamp Mauthausen. Na enkele maanden was geen van hen meer in leven.
Nieuwe Synagoge
Na de Eerste Wereldoorlog waren er veel Joden uit Duitsland
gevlucht en hadden zich in de Nederlandse grensstreek gevestigd. De
Joodse gemeente in Enschede was verdubbeld. Het Joodse leven
bloeide, er waren veel Joodse winkels en verenigingen. De oude
synagoge aan de Achterstraat, nu Stadsgravenstraat, was te klein.
Er werd in 1927-1928 een zeer fraaie Synagoge gebouwd aan de
Prinsestraat, in een buurt waar veel Joden leefden. De architecten
Anthonie Pieter Smits en Cornelis van de Linde uit Aerdenhout,
leerlingen van Karel de Baze, bouwden de synagoge, gebaseerd op De
Bazels ontwerp uit 1918‒1920. In het gebouw zijn veel fraaie
elementen te vinden, variërend van glas-in-loodramen en
beschilderingen tot mozaïeken en bronzen elementen. In de oorlog
heeft de bezetter de synagoge als gevangenis gebruikt. Tussen 1994
en 2004 is dit Rijksmonument helemaal gerestaureerd.
Onderduiken
Na de berichten uit Mauthausen in 1941 wisten de Joden wat hun
te wachten stond. Anders dan in andere steden wist de plaatselijke
Joodse raad onder leiding van de fabrikant Sig Menko, een relatief
groot aantal Joden te laten onderduiken. De raad werd daarbij
gesteund door een verzetsgroep, geleid door de hervormde predikant
ds. Leendert Overduin (1900-1976). De gezamenlijke
textielfabrikanten verleenden onderhands financiële steun. In mei
1942 werd het dragen van een Jodenster verplicht. Die ster werd
gefabriceerd in de Joodse textielfabriek De Nijverheid in Enschede,
die toen onder Duitse leiding stond. In dat jaar en in 1943 werden
nog 562 Joden gedeporteerd en omgebracht.
Stakingen
De April-Meistaking 1943, in reactie op het besluit van de
bezetter alle voormalige Nederlandse militairen opnieuw in
krijgsgevangenschap af te voeren, begon bij de Storkfabrieken in
Hengelo en sloeg ook over naar Enschede. Er waren de volgende dag
meer dan 5.000 stakers. De staking werd door de bezetter gebroken
door het invoeren van standrecht, een samenscholings- en een
uitgaansverbod. Hier en daar werden mensen willekeurig
neergeschoten of gearresteerd. Aan de Hengelosestraat staat een
herdenkingsmonument voor een achttal medewerkers van de
textielfabriek Jordaan in Haaksbergen die niet op hun werk zijn
verschenen en op grond daarvan ter plaatse zijn neergeschoten. Eén
medewerker wist te ontkomen.
NSB-ers
Dankzij de inspanningen van de groep Overduin overleefden een
relatief groot aantal joden in Enschede, omdat ze al zo vroeg in
grote aantallen onderdoken. Met dezelfde vanzelfsprekendheid
waarmee dominee Leendert Overduin zich in de oorlog inzette voor
Joodse onderduikers, zette hij zich na de oorlog in voor
familieleden van NSB-ers.