In venster 11 ging het over godsdienst en geruzie daarover; nu gaat het over wat eruit voortkwam: vervolging en opstand. Want niet alleen Rome, maar ook landsheer Karel de Vijfde was verontrust. Hij zag het geloof in gevaar komen en kon niet meer dan één geloof toestaan. Want meer geloven leidden tot geloofsstrijd, tot ontwrichting in het rijk. Karel zag het als zijn opdracht alles wat protestants was uit te roeien. Wederdopers werden de eerste slachtoffers, dikwijls op de brandstapel.
Onder Karels opvolger, diens zoon Filips de Tweede, liep de situatie verder uit de hand. Aanvankelijk was er nog hoop, maar in 1566 werd een grens overschreden. De voornaamste Nederlandse heren gingen toen naar Brussel om Filips' landvoogdes Margaretha te vragen de vervolgingen te staken. Uit angst voor geweld gaf zij toe. Dat jaar 1566 heet het Wonderjaar. De calvinisten, tot dan toe nogal achteraf, durfden openlijk naar buiten te treden. Het eerst in West-Friesland, in Westerblokker. Op 14 juli hield een mandenmaker er vlak naast een klooster een hagenpreek voor meer dan duizend mensen. Daarna pas verder zuidwaarts. Intussen trok vanuit het zuiden een minder vredige beweging over het land, de Beeldenstorm, de zuivering van kerken van de beelden 'die God verboden had'.
In het Noorderkwartier voltrok de verandering zich rustiger, afhankelijk dikwijls van de pastoor ter plaatse. In De Streek was die goed katholiek, dus veranderde er niets. Maar in Eenigenburg, Sint Maarten, Schagen, Barsingerhorn, Sint Pancras, Nieuwe Niedorp, Twisk en Sijbekarspel werd hij protestant en ging de gemeente met hem mee. In Petten droeg de goed katholieke pastoor zelfs eerst de mis op en werd meteen daarna gepreekt door zijn protestantse opvolger. Maar in Warmenhuizen waren de mensen niet van zulke gedaanteverwisselingen gediend, ze liepen de kerk uit.
De reactie van Filips op de Beeldenstorm was hard. Er zijn in de zestiende eeuw zo'n drieduizend Nederlanders om hun geloof terechtgesteld! Toch zou Nederland misschien katholiek zijn gebleven als Filips niet nog een tweede probleem had gehad, geld. Juist ook om het geloof te beschermen, moest er worden gevochten, en dat kostte geld. Daarvoor klopte Filips aan bij de Staten. In zekere zin vroeg hij de Nederlanders dus geld om hen onder de duim te kunnen houden. Het werd een patstelling: Filips wilde geld, maar weigerde te geven wat de Nederlanders vroegen, geloofsvrijheid. Ze gaven het geld dus niet, waarop Filips hen ertoe dwong, door nieuwe belastingen op te leggen.
Daarom kwam Nederland in opstand, onder leiding van Willem van Oranje, de Tachtigjarige Oorlog. Het Noorderkwartier - met name Enkhuizen en Hoorn - speelde een hoofdrol doordat het al vroeg voor de Prins koos, in 1572. Daarna, in 1573, begon de victorie, in Alkmaar, en vond de Slag op de Zuiderzee plaats. Het Noorderkwartier kreeg daardoor een speciale positie, met een eigen bestuur in Hoorn, en zelfs een eigen Munt. De calvinistische, gereformeerde godsdienst werd de heersende. Ook in West-Friesland vond nu de beeldenstorm plaats, de abdij van Egmond werd verwoest. Maar verder was de storm er gematigd. In Enkhuizen bleven preekstoel en koorhek staan. In Medemblik de preekstoel. In Hoorn werden de preekstoelpanelen met katholieke afbeeldingen eenvoudig omgekeerd en op de nieuwe voorkant de Tien Geboden aangebracht. In Warmenhuizen bleven de gewelfschilderingen zitten, het was te veel werk ze zo hoog weg te halen.
Uitgelicht
De Opstand is lang afgeschilderd als heroïsch. Het was echter vooral een 'smerige' oorlog met vermoorde kinderen, verkrachting, honger. Berucht is het 'Verraad van het Noorderkwartier', in 1575. Het Spaanse leger trok op tegen Alkmaar, in de mening dat het zou worden overgeleverd, door verraad. Maar dat werd ontdekt en gouverneur Sonoy liet de daders terechtstellen. Er ontstond een heksenjacht, wel twintig onschuldige landlopers werden opgepakt. Tijdens hun foltering noemden ze de namen van onschuldige katholieke boeren. Ook die werden gefolterd en door de pijn gedwongen namen te noemen, van onschuldige katholieke stadsbewoners.